Между тем приближалось время, когда флотилия должна была продолжить свое плавание. Гама пригласил правителя острова отобедать на борту корабля. Шейх ничем не дал понять, что ему теперь известно, что португальцы — ненавистные и презренные христиане. Он принял приглашение. После того как был подан прекрасный обед, Гама, еще раньше говоривший шейху, что ищет путь в Индию, спросил, может ли он получить двух лоцманов, которые помогли бы ему в пути. Шейх с готовностью согласился, отметив лишь, что условия найма должны быть приемлемы для этих двух людей. Когда лоцманы явились, Гама предложил каждому из них по тридцать золотых
Шли дни, и напряженность отношений, качавшая проявляться, когда стали просачиваться сведения, что флотилия в действительности представляет собой экспедицию христиан, все усиливалась, и дело дошло до открытых столкновений между жителями города и моряками, посылавшимися на берег за топливом и водой. Гама старался избежать, насколько это было возможно, подобных конфликтов, но так как он сам до этого намеренно эксплуатировал уверенность населения Мозамбика в том, что он и его люди магометане, то теперь он только пожинал плоды собственного обмана. В силу того, что число боеспособных моряков значительно сократилось из-за большой смертности от цынги и других болезней, а также потому, что на кораблях было много больных, командующий» решил не подвергаться риску массового нападения.
Вечером, в субботу 10 марта, флотилия получила приказ отойти от города к небольшому острову (Сан-Жоржи), лежащему в заливе, на расстоянии около одной лиги от Мозамбика в сторону моря. Здесь 11 марта была отслужена месса; те, кто пожелал воспользоваться этой благоприятной возможностью, исповедались и причастились. Сразу же после церковной службы командам было приказано возвратиться на суда. Еще до этого один из туземных лоцманов ускользнул на берег во время ссоры между матросами и людьми шейха и не вернулся. Взяв две лодки с матросами, Гама отправился разыскивать его; вторая лодка шла под командой Коэлью. Как только шлюпки двинулись к городу, от берега сразу же метнулись пять или шесть арабских лодок, наполненных людьми, вооруженными луками с очень длинными стрелами и щитами. Гама поспешно схватил второго туземного лоцмана, которого он взял с собой в лодку, и, крепко держа его, приказал матросам открыть огонь по приближающимся арабам. Паулу да Гама, оставшийся на «Берриу», чтобы оказать помощь в случае схватки, как только заслышал выстрелы, устремился на арабов со своим судном, которое стояло наготове с распущенными парусами. Завидев его приближение, арабы, уже начавшие отступать под натиском Гамы, пришли в полное смятение. Прежде чем корабль Паулу подошел на расстояние выстрела, они успели на своих лодках добраться до берега. Гама и его люди, разъяренные, поплыли обратно к своим судам; «Берриу» развернулся и вся флотилия взяла курс вдоль побережья. Флотилия успела запастись большим количеством дров, овощей, домашней птицы, коз и голубей — все это за несколько ниток желтых стеклянных бус. Запаслись и водой, но ее не могло хватить надолго. Командующий вздохнул с облегчением, избежав положения, которое при его поредевшей команде и множестве больных матросов скоро могло оказаться безнадежным. Однако он слишком рано поздравлял себя.
Ко вторнику 13 марта, когда флотилия продвинулась всего только на двадцать лиг, ветер стих, и в течение двух дней корабли стояли неподвижно. При заходе солнца 14 марта Гама приказал судам отойти подальше от берега, чтобы попытаться поймать попутный ветер. Однако вместо этого они были подхвачены противным течением и к утру были снесены несколько южнее их прежней стоянки у Мозамбика. Они поспешно бросили якорь близ того острова, где служили мессу, и простояли там восемь дней в ожидании попутного ветра. Когда они вновь появились около Мозамбика, шейх, преследуя свои цели, прислал одного араба (он носил звание шерифа, то есть потомка Магомета, но, очевидно, далеко не был праведником, так как о нем специально упоминается, что «он был большим пьяницей») сообщить, что он желает мира с европейцами и хочет быть их другом; тем не менее шейх ни в чем им не помог.