В начале следующего века Мюнхенский университет существенно расширился. В 1913 году в его состав вошла ветеринарная школа, на базе которой был открыт ветеринарный факультет. После Первой мировой войны, падения империи и провозглашения Веймарской республики профессора использовали кафедры для нападок на демократию в ее германском варианте. Несмотря на убедительные доводы лекторов, студенты воспринимали такие проповеди как реакционный вздор и внимательно прислушивались к призывам активистов Национал-социалистической партии. С приходом к власти Гитлера университетские профессора в общем поддержали его, но, как вспоминал доктор теологии Иосиф Пашер, «среди множества сияющих лиц, на которых издали читалась надежда на тысячелетний Германский рейх, некоторые не скрывали озабоченности, а отдельные персоны испытывали страх».
Проявив равнодушие в мирные годы, с началом войны студенты и преподаватели выступали против диктатуры, сначала изредка и тайно, а затем часто и открыто. Об одной из многих проходивших здесь акций напоминают листовки у главного входа во двор корпуса на Амалиенштрассе и ближайшая площадь Гешвистер-Шольплац. Будущий медик Ханс Шолль вместе с сестрой, будущим философом Софией Шолль, принадлежал к подпольной группе сопротивления «Белая роза», созданной при университете примерно в середине войны, когда немцы предчувствовали поражение. Члены организации печатали и распространяли тексты проповедей мюнстерского архиепископа фон Галена, пытавшегося развенчать расовую доктрину нацистов. Зимой 1943 года содержание листовок стало особенно резким, поскольку в них указывалось на Гитлера как на главного виновника сталинградской трагедии. Молодые люди призывали к восстанию и начали выступать открыто, разбрасывая листовки прямо в университетских аудиториях. После того как в Мюнхене прошла организованная ими студенческая манифестация, гестапо арестовало троих участников, в том числе брата и сестру Шолль. После нескольких дней допросов и пыток они были приговорены к смерти и вечером того же дня обезглавлены.
Разрушенные за годы войны здания университета обрели прежний вид очень быстро. В учебном процессе развитие происходило гораздо медленнее и началось лишь в середине 1960-х, когда открылся факультет евангелистской теологии, а через несколько лет – педагогический. В настоящее время на 19 факультетах Мюнхенского университета Людвига Максимилиана обучается около 44 тысяч студентов. Ежегодно свою alma mater покидает около 5 тысяч высококлассных специалистов; примерно треть из них направляется в науку, защитив в тех же стенах диссертации на степень доктора. Около сотни выпускников получают право преподавания в институте педагогики, а также на факультетах права и политической экономии, наук о Земле, математическом, физическом, химическом и фармацевтическом, биологическом, медицинском, двух философских (философия и история, филология и культура), евангелистско-богословском, католическо-богословском, ветеринарном, лесного хозяйства. Помимо фундаментальных наук, здесь преподают так называемые орхидейные предметы: православную теологию, историю и культуру Албании, Древнего Египта, Ассирии.
В составе университета свыше 50 научно-исследовательских институтов, большой ботанический сад, исследовательская станция химии продуктов питания и, конечно, огромная библиотека, открытая вместе с аудиториями в 1472 году. Физические исследования проводятся на базе лаборатории, расположенной в пригороде баварской столицы. Высоко в горах находится астрономическая обсерватория с зеркальным телескопом.
Университетский штат составляет 14 тысяч сотрудников, в том числе преподаватели, приглашенные из других стран. Не являясь единственным в городе высшим учебным заведением, он, как самый старый, показывает пример традиционного германского образования, славится научной школой и педагогами, многие из которых имеют мировую известность, а 12 штатных профессоров стали обладателями Нобелевской премии. В научной среде звание профессора университета Людвига Максимилиана считается особо почетным. Исследования выдающихся ученых Ю. Либиха, А. Байера, Р. Вильштеттера, Р. Куна внесли заметный вклад в изучение химии природных соединений. Студентам учеба здесь, кстати, бесплатная для иностранцев, гарантирует получение престижного диплома.