К началу XVII века после глубокого упадка германские университеты испытали стремительный подъем. Так же быстро восстановилась репутация профессоров: их начали уважать и ценить, причем не только в родных стенах. Объяснением тому во многом послужило то, что в Европе открывались все новые и новые высшие учебные заведения, между ними возникало соперничество и к педагогам стали предъявляться иные, намного более высокие требования. В XVIII столетии крупные германские университеты, к которым тогда еще не относилось учреждение в Ингольштадте, служили примером для подражания. Профессора нередко принимали почести в таком неординарном виде, как серенады, которые студенты распевали под окном своего наставника, или факельные шествия и стояния – чисто германский ритуал, не раз производившийся нацистами для прославления Гитлера.
В течение XIX века репутация профессора поднялась от глубокого уважения до сентиментального обожания. Во времена третьего баварского короля любовь сограждан гарантировала ученому мужу неприкосновенность со стороны властей, и тот, не ограничиваясь кафедрой, вещал с трибуны, охотно входя в роль государственного деятеля. Стремление к идеалам основателя Берлинского университета Вильгельма фон Гумбольдта привело к тому, что высшие учебные заведения сделались вместилищем чистой науки, которая зачастую противоречила не только прикладным дисциплинам, но и здравому смыслу.
Все же только тогда немецкие ученые вышли за рамки местной популярности, обретя мировую славу в математике (Карл Фридрих Гаусс), физике (Вильгельм Вебер), химии (Юстус фон Либих), медицине (Роберт Кох и Рудольф Вирхов), философии (Куно Фишер), психологии (Вильгельм Вундт). Именно с них началось возвеличивание профессуры, чей литературный образ теперь представлял собой мудрую и благородную личность, подобную лектору из романа Пауля Гольбейна «Студент в Йене»: «Пожилой ученый с горящим взором вещал благодушно и вдохновенно; почтенная голова его, будто в ореоле, озарялась теплым солнечным светом, струившимся через окно. Студента охватило чистое чувство торжества, он ощущал себя оказавшимся в храме чистой науки и с радостной гордостью думал, что однажды станет в нем служителем».
Один прусский чиновник назвал университетских наставников «рыцарями, выполняющими священную службу во дворце Грааля, исполненном чистой учености». Восторженное поклонение толпы превратило профессоров из активных членов общества в отрешенных от мира людей, что, помимо прочего, подразумевало знаменитую рассеянность – качество, по мнению простого немца, присущее настоящему ученому:
Иногда какой-нибудь ученый в нарушение общепринятых норм появлялся на заседании местного совета или даже в рейхстаге. Однако уже к середине XIX века такие случаи стали крайне редкими, а вскоре прекратились совсем, ведь человеку с возвышенным призванием не полагалось отвлекаться на столь низкое занятие, как политика. Тем не менее даже самые именитые доктора находились на государственной службе, хотя и объявляли себя независимыми искателями истины. Сами университеты были обязаны властям за материальную помощь, без которой лаборатории не имели бы оборудования, библиотеки не пополнялись бы дорогими книгами, а студенты не могли бы рассчитывать на комнаты в общежитиях. Имея положительную сторону, денежная зависимость умаляла академическую свободу, считавшуюся отличительной чертой германской системы высшего образования.
Ингольштадтский университет сыграл неблаговидную роль в пору Реформации, когда здешняя профессура резко выступила против Лютера и его сторонников. Затем больше двух столетий это почтенное заведение находилось под влиянием иезуитов. В 1800 году Максимилиан-Иосиф, еще будучи курфюрстом, распорядился перевести все кафедры в ближайший к столице город Ландсхут, но вскоре и это показалось недостаточным, поэтому в 1826 году университет обосновался в Мюнхене, получив название в честь отцов-основателей: Людвига I и Максимилиана I.
Через 15 лет «форум наук», как именовал свое детище Людвиг, обрел здание, построенное в духе классического романтизма Фридрихом фон Гертнером. В начале следующего века к большому корпусу добавился малый, построенный на Амалиенштрассе, с элегантным модернистским фасадом и внутренним двором.