С 1866 по 1880 г. министром просвещения являлся Д.А. Толстой, который одновременно был главой Святейшего Синода. Он урезал автономию университетов, стремился установить над ними жесткий контроль. После убийства Александра II репрессии против студентов и университетских преподавателей получили новый импульс. Устав 1884 г., действовавший до февраля 1917 г., упразднил автономию университетов, вдвое повысил плату за обучение в средних и высших учебных заведениях, что затруднило доступ к образованию для выходцев из неимущих классов. Борьба за незыблемость государственного строя в России конца XIX в. по сути не оставляла пространства для реализации идеалов политической и университетской свободы. Одновременно с принятием ограничительного циркуляра о «кухаркиных детях» в 1887 г. была введена и печально известная процентная норма для доступа евреев в высшие учебные заведения империи (в первой половине XX в. она будет действовать и в Венгрии при Хорти и в некоторых американских университетах).
В отличие от немецкого студенчества, все более проникавшегося шовинистическим и антилиберальным духом, российское студенчество вплоть до революционных событий 1905–1907 гг. оставалось верным заветам радикальной интеллигенции 1860-х годов (тогда университеты практически не работали полтора года из-за забастовок). Определенные перемены наступили лишь после 1907 г., когда стал активно расширяться сектор негосударственной высшей школы, а университетские советы де-факто и согласно «Временным правилам» 1905 г. снова вернули себе изрядную часть полномочий (хотя в 1911 г. острый конфликт с Министерством народного просвещения привел к коллективному уходу из Московского университета более четверти преподавателей). На окраинах империи Александровский университет в Гельсингфорсе пользовался весьма широкой автономией (преобладающим языком обучения и академической работы там был немецкий), а русифицированный университет в Варшаве, несмотря на льготы для поступления, предоставленные выходцам из центральной России, так и не стал действенным элементом русификации после восстания 1863 г. и с начала XX в. по сути бойкотировался местным польским обществом, предпочитавшим университеты Львова или Кракова в австрийской части разделенной Польши. Менее болезненной для научного развития оказалась русификация в 1880-1890-х годах Дерптского (Юрьевского) университета, традиционно связанного с Германией и местным остзейским дворянством.
Как и в Российской империи, во многих государствах Европы реформаторы заимствовали ряд структурных особенностей построения системы высшего образования у соседних стран, с которыми давно поддерживались культурные и академические связи (и политическая вражда не всегда выступала тут препятствием, а скорее, подстегивала конкурентные отношения). Так, очевидно влияние французской централизации на развитие испанских университетов после 1810-х годов. Там были закрыты некоторые старые университеты, а оставшиеся десять стали центрами соответствующих учебных округов. С 1836 г. только университеты Мадрида (который получил звание «Центрального Университета») и Барселоны располагали набором всех факультетов и могли присваивать ученые степени. К концу XIX в. в Испании система высшего образования (к которой добавились и технические школы) пребывает в упадке, связанном, в том числе, и с низким материальным содержанием профессоров — многим из них приходилось совмещать свои ученые занятия с заработком в иных местах. В Италии университеты в XIX в. также являлись центрами учебных округов, но были весьма неравномерно распределенными географически (чему способствовало и долгое существование отдельных государств в Италии до объединения). Наряду с крупными университетами в Неаполе, Болонье, Риме продолжали действовать и немногочисленные заведения с несколькими сотнями учащихся, главными карьерными путями которых были право и медицина. Итальянские ученые в университетах второй половины века ориентировались на немецкую модель поощрения исследований (а не только преподавания уже готового знания) и систему заграничных академических стажировок, но при этом управление университетами было тесно связано с местными сообществами и муниципалитетами, как в Великобритании.