В 1808 г. Гумбольдт вернулся на родину из Рима и в следующем году стал директором секции культуры и образования в Министерстве внутренних дел Пруссии. Находясь на этом посту, он проделал всю необходимую работу для открытия Берлинского университета осенью 1810 г. При этом речь шла не только об определении контура будущего образовательного учреждения, но и об урегулировании финансовых условий его существования. В тайном государственном архиве Пруссии хранится официальный проект Гумбольдта, направленный барону Альтенштейну, где он оценил общую стоимость учреждения университета в 15 тыс. имперских талеров. Приблизительно в 1809–1810 гг. был написан его знаменитый меморандум «О внутренней и внешней организации высших научных заведений в Берлине». Время пребывания Гумбольдта в должности директора секции культуры и образования длилось всего 13 месяцев, но оно стало важнейшим периодом в истории немецкого образования. В последние несколько лет в России был опубликован ряд работ, в которых анализируются разные аспекты деятельности великого реформатора и ученого и формы адаптации его идей в других странах.
Философская основа образовательной концепции Гумбольдта была во многом результатом деятельности немецких мыслителей начала XIX в. Так, И.Г. Фихте видел основу возрождения могущества Германии в ее духовной мощи, а Ф. Шлейермахер, разочаровавшись во всех формах рационализма, призывал перенести внимание с внешней стороны жизни на внутреннюю, мечтал о возрождении органической целостности духовного бытия. В 1808 г. он написал брошюру «Размышление об университете в немецком смысле», где высказал общие идеи о школах, университетах, академиях и представил свое видение нового немецкого университета. Агитировал в пользу интеллектуальной свободы и университетских преобразований и Гегель.
В 1807 г. Фихте предложил план реформы университетов: «В университетах не должно быть профессионального образования, а должно быть предложено образование посредством философии, которая обеспечивала бы понимание взаимоотношений в пределах всего научного знания. Философии следовало быть свободным вопрошанием и критикой по отношению ко всем остальным формам знания». Философ также предлагал предоставить возможность получения образования малоимущим слоям путем создания системы публичных школ, куда принимали бы представителей всех групп населения, а в университете нуждающиеся студенты могли бы получать поддержку со стороны государства. Выстраивая свои приоритеты вокруг системы образовательного лидерства, Германия стала бы своеобразным воплощением государства Платона. Высокий образовательный статус давал бы его обладателю право занятия ключевых должностей в государстве, что вело бы к вытеснению старой наследственной аристократии и формированию внесословного общества.
Фундаментальные принципы нового университета были изложены в уже упоминавшемся меморандуме Гумбольдта «О внутренней и внешней организации высших научных заведений в Берлине». Краеугольным камнем гумбольдтовского университета стали принципы академической свободы и единства исследования и преподавания. Такой университет был свободен как от влияния церкви, так и от государственной опеки в сфере науки и преподавания и организован как привилегированная корпорация на основе самоуправления. Студент в рамках обучения должен был не столько овладевать готовым знанием, сколько развивать самостоятельность мышления, заниматься разысканием и усвоением истины и быть дополнительной «инстанцией» для проверки тезисов преподавателя-исследователя. Именно поэтому в реформированном университете закрепилась новая форма обучения — семинарские занятия (в практику подготовки историков их ввел Л. фон Ранке).