Эволюция международной «ученой республики», помимо контактов, переписки и многоязычной публикационной активности признанных специалистов, опирается на мощный фундамент заграничной послеуниверситетской подготовки (включая обучение американцев и канадцев в Германии и Франции) и обучения студентов за границей. Особенно важную роль для европейцев к концу XIX в. стали играть университеты в Бельгии и полиэтничной Швейцарии (в Женеве, Лозанне, Базеле, Фрибурге и Берне), где иностранцы составляли большую половину учащихся. Особенно широко среди них в Швейцарии были представлены группы, дискриминируемые в Российской империи, — женщины, евреи и поляки. К концу XIX в. внутри прежде сплоченного академического сословия стали нарастать противоречия между старшими «полными» (ординарными) профессорами и растущим корпусом младших преподавателей, которые нередко оказывались вовлечеными в политические движения (левые в России или правые в Германии).
Начало XIX в. стало временем заметных сдвигов в понимании природы и специфики общественного развития — это было связано в первую очередь с переменами общемировоззренческого и философского характера. Начатое Французской революцией переустройство прежнего европейского порядка затронуло не только общественно-политическую или образовательную сферу. М. Фуко в известной книге «Слова и вещи» указывал на начало с 1800-х годов нового этапа в осмыслении ключевых явлений жизни, языка и хозяйства, когда исторические установки и привели к рождению «человека» как предмета гуманитарных наук и стали важнейшей вехой в становлении современных биологии, лингвистики и политэкономии. Специализация научного поиска, растущее раздробление «естественной истории» по отдельным сферам изучения и появление (сначала в английских университетах) помимо традиционного деления на факультеты специальных департаментов, отвечающих за ту или иную область знания, — все это привело к закреплению нового дисциплинарного устройства науки и оформлению привычного нам «ландшафта» академических и университетских дисциплин. По мнению ряда авторитетных ученых, мир знаний о природе и человеке переживает в начале XIX в. вторую научную революцию, сопоставимую по значимости и последствиям с поворотной эпохой Галилея и Ньютона.
Романтические идеи в Германии, а затем во Франции, Англии и других странах Старого и Нового Света существенно отличались от рационалистических и механистических постулатов «классического века» (хотя некоторые концептуальные построения и выступали в качестве связующих звеньев двух этих доктрин, например, философия искусства Канта или принципы шотландского Просвещения). Открытие спонтанного, нередко иррационального и противоречивого развития природного и человеческого мира, обращение к ранее пренебрегаемому Средневековью, указание на разнообразие традиций и устоев жизни локальных общностей, не укладывающихся в просветительские каноны и рационалистические схемы, — все это не только встречало отклик в среде консерваторов, но влияло также и на позиции многих ученых, включая естествоиспытателей. Романтизм не был противоположностью науке как таковой (хотя и нередко, особенно с середины XIX столетия влиял на антисциентистские настроения) — можно указать целые направления, вроде геологии, биологии или изучения электричества, которые в своем концептуальном развитии тесно связаны с миром романтических идей. Широко известен факт влияния Ф. Шеллинга на идеи датчанина Х.К. Эрстеда или связь романтического творчества С. Кольриджа с развитием психологии бессознательного, «точной» эстетики и химических открытий X. Дэви. Не только механика П.-С. Лапласа, но и идеи превращения элементов (в которых еще много от алхимических представлений), натурализм и антиньютоновское видение природы у Гёте вдохновляют поколения ученых 1820-1840-х годов. Особенно важным тут стало проникновение в природу электромагнитных явлений и формулировка Дж. К. Максвеллом теории поля (как формы материального мира, совершенно не предусмотренной ньютоновской физикой). Эти открытия стали результатом интернационального научного взаимодействия, ведущими «агентами» которого были ученые разных европейских стран — итальянец А. Вольта, француз А.-М. Ампер, немец Г.С. Ом, англичане М. Фарадей и Дж. К. Максвелл. Все это существенно усложняло и во многом перечеркивало прежнюю картину миру, созданную усилиями ученых эпохи Просвещения.