1 мая в связи с проводимыми в российских ВВС ОШМ (организационно-штатные мероприятия, а попросту — сокращение) полку переданы Боевое Знамя, почетное наименование, ордена и другие награды (два Вымпела МО СССР), боевые традиции с Историческим формуляром 871-го ИАП в Смоленске. С этого дня получил наименование «47-й Гвардейский разведывательный авиационный Борисовский-Померанский дважды Краснознаменный ордена Суворова авиационный полк».
С 1 августа в связи с ОШМ в полку расформирована 3-я АЭ на самолетах МиГ-25РБ.
1999–2001.С 5 сентября 1999 г. по 28 февраля 2000 г. оперативная группа полка тремя самолетами МиГ-25РБ с аэр. Ахтубинск принимала участие в контртеррористической операции на территории ЧР. За это время в группе произошло 5 смен личного состава. В работе группы в общей сложности принимали участие 84 человека. За этот период летчики гв. п/п-ки Жарков, Иванов, Скворцов и гв. м-р Лоскутов выполнили 108 б/в на воздушную разведку. Специалистами фотослужбы изготовлено 536 фотосхем и фотопланшетов. Все летчики группы награждены боевыми орденами, а многие из специалистов ИАС и АФС — медалями. А всего с 1992 г. по 2000 г. в различных горячих точках СНГ экипажами полка выполнено 302 б/в.
С 6 по 14 сентября 2000 г. 6 самолетов Су-24МР (экипажи: гв. п-к Бондаренко — гв. п/п-к Барышников, гв. п/п-к Наевский — гв. м-р Донецкий, гв. п/п-к Золотов — гв. м-р Волосян, гв. м-р Триппель — гв. м-р Черепня, гв. м- р Пронин — гв. п/п-к Никитин, гв. м-р Александров — гв. ст. л-т Баранов), перебазировавшись на аэродром Мариновка, принимали участие в двухсторонних исследовательских учениях «Оборона-2000». Особо отличившиеся экипажи (Наевский-Донецкий, Триппель-Черепня) Главком ВВС и ПВО наградил именными часами.
В конце мая 2001 г. новым командиром полка назначен гв. п-к В. Лопарёв.
В 2001 г. полк продолжает оставаться в боевом строю российской военной авиации, удерживая лидерные позиции среди авиационных полков наших ВВС.
15 августа 2001 г. 47-й Гвардейский разведывательный авиационный Борисовский-Померанский Дважды Краснознаменный ордена Суворова 3 ст. полк отметил 60-летний Юбилей!
Ил-4 «23 желтый», 2-я АЭ, лето-осень 1943 г.