В октябре 1991 г. было проведено ЛТУ Центра, в котором принимали участие 26 экипажей из числа слушателей-выпускников 1990 года (10 на Су-24МР, 10 на Су-17М4Р и 6 на МиГ-25РБ).
3 ноября 1992 г. 1046-му Центру была поставлена задача отправить в зону чрезвычайного положения осетино- ингушского конфликта оперативную группу в составе 4 экипажей на Су-24МР и необходимых специалистов обеспечения воздушной разведки. С 6 ноября по 2 декабря экипажи выполнили 33 б/в с оперативного аэр. Моздок. Разведка в районах н/п Владикавказ, Грозный, Беслан, Малгобек, Ьалта, Джайрах, Краснооктябрьское, Мужичи, Верхний Алхун отслеживала визуально и при помощи аэрофотосъемки обстановку в районе конфликта.
В ноябре 1992 г. начальником Центра стал гв. п-к А. Водолазский.
Наконец, 1 ноября 1993 г. 1046 Гв. ЦПЛС РА на основании директивы ГШ ВВС снова преобразован в 47-й ОГРАП. Как и Центр, полк имел 3 эскадрильи, но век Су-17 уже закончился, и в 1-й АЭ остались Су-24МР, во 2-й АЭ — МиГ-25РБ, а 3-я АЭ тоже перешла на МиГи. Полк вошел в состав 16-й ВА МВО.
1994.С февраля командиром полка стал гв. п-к А. Белевич. Начиная с марта летчики выполняли специальные и боевые задания в районах региональных конфликтов на территории России и стран СНГ. С 12 по 28 марта два экипажа Су-24МР (гв. п/п-к Синицкий — гв. к-н Черепня, гв. п/п-к Симанович — гв. м-р Батищев) выполнили 7 вылетов на разведку в интересах командования коллективных миротворческих сил в Республике Таджикистан (КМС РТ).
Осенью 47 ОГРАП снова начал действовать в интересах главных штабов. На Северном Кавказе уже долгое время существовала самопровозглашенная Ичкерия, с которой решили покончить военным путем. Боевые действия начались в декабре, но 47 ОГРАП, обеспечивавший подготовку к этой операции, действовал в этом районе еще осенью. С 20 по 24 сентября и с 8 по 14 октября гв. п/п-к Бученов и гв. м-р Бугаев с аэр. Моздок на МиГ-25РБ выполнили 14 вылетов на разведку над районами Чечни и по границе России и Грузии.
С 1 по 26 декабря гв. п/п-к Бученов и гв. м-р Александров с аэр. Моздок на МиГ-25РБ выполнили 8 б/в на разведку над районами Чечни. В интересах вышестоящих штабов напечатано 847 фотоснимков, изготовлено 14 фотосхем. С 3 по 25 декабря 4 экипажа Су-24МР (гв. п/п-к Роднов — гв. к-н Гришин, гв. к-н Курин — гв. м-р Донецкий, гв. м-р Колобов — гв. к-н Кузнецов, гв. м-р Иванов — гв. к- н Арбузов, запасной — гв. п/п-к Цуркан) с аэр. Моздок выполнили 18 б/в на разведку в разных районах Чечни. В интересах вышестоящих штабов напечатано 6000 фотоснимков, изготовлено 45 фотосхем. В этих полетах Су-24МР постоянно подвергались обстрелу со стороны незаконных вооруженных формирований Чечни, и некоторые получали пробоины от стрелкового оружия. С серьезными повреждениями вернулся с боевого задания самолет экипажа Цуркан-Донецкий.
1995.С 16 по 30 марта пара Су-24МР (гв. п/п-ки Наевский — Давтян и гв. п/п-к Синицкий — гв. к-н Пеньков) выполнили с аэр. Какайды (Узбекистан) 18 полетов на разведку в интересах командования KMC РТ.
С 22 марта по 10 апреля экипаж Су-24МР гв. м-р Ширяев — гв. к-н Черепня с аэр. Ахтубинск выполнили 8 разведывательных вылетов над территорией Чечни.
В дальнейшем для полетов над Чечней было решено задействовать высотные МиГи, которые для стрелкового оружия, да и для «Стингеров» или «Стрел» были недосягаемы. С 12 мая по 31 октября летчики гв. п/п-к Бученов, гв. м-ры Александров, Лоскутов, Сокирко, Коваленко, Бугаев, Садовский — на трех МиГ-25РБ с аэр. Ростов-на-Дону выполнили 88 б/в на разведку над территорией ЧР. В интересах вышестоящих штабов обработано 13360 метров аэрофотопленки, изготовлено 570 фотосхем и фотопланшетов.
1996.Несмотря на сложности с поставками топлива, полк поддерживал в боеготовом состоянии экипажи основного боевого расчета, за год проведено 2 ЛТУ АЭ и 1 ЛТУ АП, при этом ЛТУ 1-й АЭ в сентябре проходило с перебазированием на оперативный аэродром Бутурлиновка.
1997.В марте командование полком принял гв. п-к А. Бондаренко, кавалер двух орденов Красной Звезды, дважды выполнявший интернациональный долг в ДРА.
С 26 августа по 1 сентября проводилось ЛТУ полка с перебазированием 6 МиГ-25РБ и 8 Су-24МР на оперативный аэродром Багай-Барановка с воздушной разведкой на новом оперативном направлении. Кроме того, в течение года выполнено 27 полетов на обеспечение командно-штабных учений и тревог вышестоящих штабов. Летчики перегоняли самолеты МиГ-25РБ/РУ из Липецка в Мончегорск.
1998.С 15 марта в связи с расформированием 16-й ВА полк вошел в состав 105-й САД и, перестав быть отдельным, с этого момента стал именоваться 47-й ГРАП.