26 апреля произошла авария на Чернобыльской АЭС, а 30 апреля два экипажа полка (гв. п/п-к Рябуха — гв. к-н Камалетдинов и гв. м-р Вертопрахов — гв. к-н Донецкий) выполняли специальное задание по радиационной разведке в районе станции. При этом Рябуха и Камалетдинов выполняли задание непосредственно над разрушенным реактором третьего энергоблока. Спецконтейнеры «Эфир» сразу после посадки на специальном вертолете отправили в Москву. Результаты замеров радиации так и остались тайной за семью печатями.
1 декабря ход налаженной и привычной жизни был нарушен. Директива ГШ ВВС предусматривала для полка новые штаты — обе эскадрильи переходили на Су-24МР. Но чтобы «сэкономить» на переучивании одной эскадрильи, наверху решили, что будет проще устроить очередной обмен: 1-я АЭ 47 ОГРАП в полном составе отправлялась в 511-й ОРАП в Буялык, откуда взамен в Шаталово переводили личный состав эскадрильи Су-24.
Экономия, если она вообще была, оказалась минимальной, а о людях, судьбы которых оказались затронуты этими переменами, видимо, не подумали. Началось «великое броуновское движение». Одни не хотели уезжать из Шаталово и, пролетав почти всю свою летную жизнь на МиГах, переучиваться на Су-24М. В Буялыке все происходило так же, но «наоборот» — одним было жаль оставлять теплую Одесскую область, а другим, пролетавшим долгое время со штурманом на Яках и Сухих, не хотелось пересаживаться в кабину одноместного стратосферного монстра, большую часть полетов на котором надо было проводить в «горшке» (гермошлеме). Но «процесс уже пошел», и к середине 1987 г. 47-й ОГРАП расстался с МиГами и стратосферой, зато мог изменять стреловидность вдвое большими силами. С 24 по 31 августа полк уже составом двух эскадрилий принимал участие в фронтовых КШУ по плану Главкома Западного направления, выполнив 56 с/в и вскрыв 55 объектов разведки. Всего за год проведено 2 полковых и 6 эскадрильских ЛТУ.
1988.Полк провел 1 ЛТУ АП с перебазированием на аэр. Буялык (с 23 января по 2 февраля) и 3 ЛТУ АЭ. С февраля командиром полка стал гв. п-к А. Левченко.
Этот год оказался богатым на события. 20 июня из-за падения давления в третьей гидросистеме и невозможности выпустить шасси произошла авария Су-24МР. Экипаж (летчик гв. л-т Кудрявый и штурман гв. м-р Батищев), неоднократно предпринимал попытки выпуска шасси, но безуспешно. При остатке топлива значительно меньше аварийного экипаж благополучно катапультировался.
Прошло лишь три месяца, и полк потерял еще один Су-24МР. 26 сентября при выполнении посадки потерпел аварию самолет гв. л-та Иконникова и гв. л-та Зянкина. В условиях ухудшенной видимости (заходящее солнце находилось строго в створе посадочного курса) летчик допустил высокое выравнивание с последующим грубым приземлением. Самолет дал «козла» и при повторном касании основные стойки шасси не выдержали и подломились. Скользящая на брюхе машина загорелась. После остановки экипаж покинул кабину, самолет сгорел.
1 декабря стало одной из памятных дат в истории полка. 47-й ОГРАП преобразован в 1046-й Гвардейский Центр Подготовки Летного Состава Разведывательной Авиации (ЦПЛС РА). Полк потерял свой номер, с которым было связано столько событий и достижений, но зато в Шаталово вернулись МиГи — Центр имел в составе две эскадрильи: 1-я АЭ на Су-24МР, и 2-я АЭ — на МиГ-25РБ (непонятный эксперимент по переводу полков на однотипные самолеты длился два года). В то время никто не думал о традициях, а жаль, ведь двумя годами ранее все было как раз наоборот — МиГи традиционно летали в 1-й эскадрилье, а освоение Су-24МР началось во 2-й.
Основной задачей ЦПЛС была подготовка выпускников летных училищ в качестве летчиков и штурманов фронтовой разведавиации. Ежегодно в каждой АЭ проходили теоретическую и летную подготовку по 10 выпускников летных училищ, а в 1-й АЭ — еще и 10 выпускников училища штурманов. Получив соответствующий уровень подготовки и сдав на 3-й класс, лейтенантов распределяли в строевые разведполки.
1989–1990.1 декабря 1989 г. в состав Центра введена 3-я АЭ на Су-17МЗР, и ЦПЛС переведен на новые штаты: 1-я АЭ имела 12 Су-24МР, 2-я — 12 МиГ-25РБ и 4 МиГ-25РУ, а 3-я АЭ — 12 Су-17МЗР и 4 Су-17УМЗ. Теперь в Центре могли проходить подготовку летчики для всех разведполков, ведь разведчики Су-17 состояли на вооружении в большом количестве, хотя «тройки» уже уступали место М4Р. И через год, с 30 ноября по 4 декабря 1990 г., все 12 Су-17МЗР были переданы в 381 ОРАП, 3 МиГ-25РБ и 2 МиГ-25РУ — в 39-й ОРАП. А из 827 ОРАП в Лиманском Центр получил 10 новых Су-17М4Р.
1991–1993.С августа 1991 г. по ноябрь 1993 г. 1046 ЦПЛС РА находился в составе частей центрального подчинения.