27 мая 1969 г. ГШ ВВС издал директиву, предписывавшую перевооружить одну из эскадрилий разведавиации на новые разведчики МиГ-25Р, к серийному выпуску которых приступал Горьковский авиационный завод им.
С. Орджоникидзе (ГАЗиСО). Выбор командования в очередной раз пал на 47-й ОГРАП, где самой подготовленной была 1-я АЭ 1*. Однако летчиков отбирали во всех трех эскадрильях, поскольку кроме высокой квалификации (не ниже 2-го класса), свои требования предъявляла и медицина: диагноз мог быть только один — здоров, годен к летной работе без ограничений. А таким заключением могли похвастать далеко не все летчики. На основании этой директивы с 6 октября штат полка предусматривал 10 боевых МиГ-25Р, 20 боевых Як-27Р, 6 учебно-боевых Як-28У и самолет связи Ан-2.
В конце ноября отобранные авиаторы уехали изучать новый самолет в Горький. Конструкцию изучали прямо в сборочном цехе, под руководством заводских инженеров. К концу декабря все вернулись в Шаталово, а уже в январе эта же группа уехала в Москву, где на заводе «Салют» таким же образом изучали новый двигатель.
Однако поступление МиГов затягивалось, и переучившиеся теоретически продолжали эксплуатировать Як-27Р. Из-за перевооружения на новый самолет задач учебно-боевой подготовки с полка никто не снимал — за год было выполнено 2 полковых и 9 эскадрильских ЛТУ.
1970.С 7 по 12 марта 28 экипажей участвовали в войсковых маневрах по плану МО СССР «Двина», а с 29 июня по 3 июля 22 экипажа участвовали в полковых ЛТУ с перелетом по тревоге на максимальную дальность и посадкой на аэр. Буялык. Из 10 учебных тревог, проведенных за год, 6 проводились с подъемом экипажей в воздух.
К концу марта к теоретическому переучиванию летного состава на МиГ-25Р была подготовлена база в 4-м ЦБП и ПЛС в Липецке. 31 марта на дополнительные занятия туда убыли 16 летчиков, и завершив через месяц программу, вернулись в полк. Но летать им по-прежнему приходилось на Яках, при этом особый упор для них делался на полеты в стратосферу и на сверхзвуке.
Наконец, 9 июля 1970 г. в Шаталово приземлились три первых самолета МиГ-25Р (б/н 40 зав. № 0205СЕ01, 41 зав. № 0205СЕ04 и 42 зав. № 0205СЕ05). Их в полк перегнали заводские летчики-испытатели. Прямо на аэродроме состоялся торжественный митинг. А уже через неделю состоялись первые полеты МиГов: 16 июля, после провозного полета на Як-28У, гв. м-ры Чудин, Мирошниченко, гв. к-ны Маштаков, Марченко, Борщев и Яшин вылетели самостоятельно на МиГ-25Р. Первых летчиков готовили и выпускали в самостоятельный полет на МиГ-25Р Заслуженные летчики-испытатели СССР — шеф-пилот ОКБ Микояна А. Федотов и летчики-испытатели ГАЗиСО Гордиенко и Элькинбард. Кроме того, в первые месяцы полетов на новых МиГах на аэродроме постоянно присутствовали генералы и полковники из Главкомата ВВС и ВВС МВО, представители ОКБ Микояна, МАП и заводов-изготовителей 2*. До конца года в полку так и оставалось всего три МиГа, и на каждую летную смену их готовили к полетам. Но к концу смены один, иногда — два, а то — и все три МиГ-25 не летали — отказывала та или иная система. И тогда вся эта «свита» и трудяги-техники начинали «колдовать» над строптивыми МиГами, чтобы к следующей летной смене вернуть их в строй. Даже в таких непростых условиях к концу года на МиГ-25Р летали все летчики, переучившиеся на новый самолет теоретически.
1971.В марте в составе специально сформированного 63-го ОАО в Арабскую Республику Египет убыла группа летчиков и техников полка, а также два МиГ-25Р (б/н 40 и 41) для выполнения специальных заданий. В первую группу летного состава 63-го ОАО, вместе с летчиками-испытателями МАП, НИИ ВВС и летчиками 4-го ЦБП и ПЛС, вошли наиболее подготовленные на МиГ-25Р летчики полка гв. м-ры Чудин, Борщев и гв. к-н Марченко. До апреля 1972 г. они вместе с другими летчиками спецотряда выполняли задания с аэродрома Каиро-Уэст по воздушной радиотехнической и фоторазведке в интересах египетского командования.
Поскольку значительная часть личного состава 1-й АЭ была откомандирована в 63-й ОАО, возникла необходимость пополнения эскадрильи из других подразделений. В феврале-апреле было организовано повторное теоретическое переучивание на самолет МиГ-25Р на новой учебной базе полка.
20-26 июня 4 экипажа 1-й АЭ на МиГ-25Р впервые участвовали в учениях «Неман-71».
22 июля — через год с небольшим после начала полетов на МиГах — при выполнении учебного полета в стратосфере из-за отказа системы энергоснабжения произошла авария МиГ-25Р (б/н 42), который пилотировал гв. к- н Е. Старовойтов. Пилот спасся просто чудом. Но все же тот год был явно несчастливым. 6 октября из-за падения тяги двигателей на взлете произошла катастрофа Як-27Р, в которой погибли зам. ком. 2-й АЭ гв. к-н Анисимов и гв. ст. л-т Колосенко.