По завершении ЛТУ (в марте полк отрабатывал действия в наступательной операции фронта с учетом применения атомного оружия и других средств борьбы) на основании Директивы ГК ВВС от 12 марта 1959 г. полку предписывалось в кратчайшие сроки перебазироваться на новый аэродром постоянной дислокации возле деревни Шаталово Смоленской области. После рекогносцировки, проведенной командиром и руководящим составом полка, 14 апреля наземным и воздушным эшелоном полк перебазировался туда. При этом экипажи попутно выполняли воздушную разведку. После обустройства на новом месте полк приступил к перевооружению на самолет-разведчик Як-27Р (директива ГК ВВС по этому поводу появилась еще 4.3.1959 г.).
5 мая началось теоретическое переучивание на новую машину, а уже 11 мая первые три Як-27Р, пилотируемые летчиками-испытателями МАП, штурманами которых были офицеры полка гв. к-ны Махнов, Баталов и Цыцыма, прилетели из Саратова в Шаталово. 14 мая эта же группа перегнала еще 4 самолета.
47-й ОГРАП первым из разведполков советских ВВС осваивал этот новый сверхзвуковой самолет-разведчик и вырабатывал рекомендации по его эксплуатации на земле и в воздухе, а также по боевому применению.
В течение мая и июня личный состав по 8-10 часов в день изучал матчасть, особенности эксплуатации самолета на земле и в воздухе и практической аэродинамики. Представители ИАС ВВС МВО приняли зачеты, и личный состав был допущен к обслуживанию и выполнению полетов на Як-27Р. 5 июня состоялись первые полеты. Вначале летчик-испытатель НИИ ВВС п-к Глазунов выполнил над точкой комплекс фигур сложного пилотажа, после чего первый самостоятельный полет с разрешения зам. ком. ВВС МВО совершил командир полка. В июне начались массовые полеты на новом самолете, и до конца месяца на Як-27Р самостоятельно летали 16, а к концу года — уже 30 экипажей.
1960.Основной задачей года являлось освоение самолета Як-27Р и проведение в мае-сентябре его войсковых испытаний (ВИ), на основе которых необходимо было выдать рекомендации о боевых и эксплуатационных возможностях нового разведчика, методике самолетовождения и боевого применения во всех метеоусловиях днем и ночью. Для проведения ВИ в апреле в полку выделили специальные экипажи из управления полка и 2-й АЭ.
Одновременно велась подготовка к планировавшимся в июле исследовательским учениям Сухопутных войск «Дон». Требовалось в короткий срок научить все экипажи тактике ведения воздушной разведки ракетно-ядерных средств (РЯС) на новом самолете. Заключительным этапом подготовки стало проведение в мае ЛТУ полка. 11 июля для участия в учениях «Дон» полк в составе двух групп перелетел на аэр. Липецк и Лебяжье, откуда за время учений (с 13 по 20 июля) выполнил 161 вылет на воздушную разведку войск и боевой техники. Это было первое учение с участием большого количества авиации, различной техники и ракетных войск. Оно стало экзаменом боевых возможностей Як-27Р и всего личного состава. По итогам учений полк получил самую высокую оценку.
С 25 августа полк был переведен на новую организационно-штатную структуру ИАС: техсостав эскадрилий выведен из состава боевых подразделений и в виде ТЭЧ АЭ включен в ПАС полка.
В сентябре войсковые испытания самолета закончились — к этому времени было переучено 46 экипажей. В конце месяца в полку была проведена научно-техническая конференция с участием представителей 4 ЦБП и ПЛС и переучивавшихся на Як-27Р частей — 48 ОГРАП, 164 ОГРАП, 511 ОРАП, а также представителей ГК НИИ ВВС, ОКБ Яковлева и ГШ ВВС. В ходе совещания летчики, штурманы и инженеры полка выступали с докладами о боевом использовании и тактико-технических возможностях нового самолета, а также о его конструктивно-производственных и эксплуатационных недостатках, выявленных как в ходе войсковых испытаний, так и при полетах по плану боевой подготовки. Отмечая положительные качества Як-27Р, в адрес его разработчиков прозвучал целый ряд серьезных претензий:
• разведоборудование самолета позволяет вести фоторазведку только днем в ПМУ и под облаками — ни в СМУ, ни ночью никакие виды разведки, кроме визуальной, невозможны;
• несовершенное для данного времени пилотажно-навигационное и радиотехническое оборудование, не позволявшее решать в полном объеме задачи самолетовождения в СМУ;
• неудовлетворительная звуковая изоляция кабин;
• катапультные кресла не позволяют покидать самолет на малых (ниже 200 м) высотах.
В общем, можно сказать, что сравнение нового разведчика с Ил-28Р вызывало много вопросов — особенно учитывая, что дальность заметно сократилась, а набор разведоборудования не впечатлял. На основании материалов этой конференции ГК НИИ ВВС выпустил «Инструкцию по эксплуатации самолета Як-27Р» и «Методики по обучению технике пилотирования, самолетовождению и боевому применению». За отличное проведение ВИ участникам объявили благодарности и вручили денежные премии.