На новом месте умение Федора Прокопенко летать днем и ночью, в сложных метеоусловиях не осталось незамеченным. Когда однажды потребовалось срочно доставить в г. Старая Торопа больного на операцию, первым из летчиков, способных выполнить эту задачу, был назван Федор Прокопенко. Основания для того были — вылет требовалось совершить при непрекращающемся снегопаде. Для обеспечения успешной посадки по просьбе пилота на окраине города, вблизи больницы, подготовили площадку, на которой выложили черное «Т» и зажгли костры. В заднюю кабину У-2 усадили укутанного в теплые вещи больного, летчик взлетел п вскоре посадил самолет на выбранной площадке. Больного пересадили в санитарную машину, доставили в больницу. Он был сразу же прооперирован и вскоре выздоровел.
В конце 1937 г. Федор Прокопенко переводится в Подольский аэроклуб. Подготовив группу курсантов, в 1938 г. он сдавал ее экзаменационной комиссии. Подавляющее большинство его учеников показали высокий уровень подготовки, что позволяло зачислить их в Качинскую летную школу истребителей. Видя такую отличную подготовленность группы Прокопенко, председатель комиссии решил проверить летное мастерство и самого инструктора, который к тому моменту в совершенстве владел техникой пилотирования на самолетах У-2, Р-5, УТ-1, УТ-2 и имел налет около 4000 часов. На его счету было н участие в воздушном параде 1938 года в Тушино. После контрольного полета Ф. Прокопенко также получил возможность поступить в Качинское училище и вместе со своей группой отправился в Крым.
В Каче Ф. Прокопенко, освоив УТИ-4 и следом за ним И-16, становится командиром звена с присвоением звания старший лейтенант.
С началом войны, в июне 1941 г. из летных кадров Качинского авиаучилища, в основном из командиров звеньев, сформировали боевой полк с двойным подчинением — фронтовому командованию п руководству училища. Летчики этого полка должны были, как обычно, продолжать обучать курсантов, но н быть готовыми к вылетам по тревоге на перехват самолетов противника, идущих к Севастополю. Поскольку тревогу могли объявить в любой момент, на аэродроме их ожидали готовые к боевому вылету училищные И-16.
В составе этого полка Ф. Прокопенко совершил 15 вылетов на перехват разведчиков и бомбардировщиков противника, в том числе дважды — ночыо. вместе с летчиками Кизеевым и Власовым. Но разведчики ходили на большой высоте, и училищные И-16, уже истрепанные машины, до них добраться не могли.
Такую учебно-боевую работу полк выполнял до 12 июля 1941 г. — дня, когда последняя, 4-я, эскадрилья училища во главе со своим командиром майором Кизеевым эвакуировалась в тыл. На новом месте дислокации в г. Красный Кут стали готовиться к изучению истребителя Як-1. Ф. Прокопенко прпнпмал участие в перегонке из подмосковных Химок на аэродром училища трех таких самолетов. Трудность перелета заключалась в том, что те, кто перегонял новые машины, познакомились с ними только в Химках, да и то в общих чертах — лишь с характеристиками Яков да с приборным оборудованием кабины.
По прибытии в Красный Кут для обучения курсантов пилотированию новым истребителем было организовано экспериментальное звено, командиром которого назначили Федора Прокопенко. При отсутствии учебных Яков (спарок) переучивание начинали с полетов на УТ-2 на повышенных скоростях, после чего обучаемые несколько полетов совершали на УТИ-4, а затем выпускались на Як-1.
Летом 1942 г. Федор Прокопенко, в числе девяти летчиков Качинского училища, был направлен в подмосковный город Люберцы, где знаменитый ас Иван Иванович Клещев формировал 434-й истребительный полк Резерва Верховного Главнокомандования. 14 июля 1942 г. 434 ИАП получает приказ на перебазирование и с Люберецкого аэродрома перелетает на аэродром Гумрак, под Сталинградом.
Немецкие войска находились еще на дальних подступах к городу, но в сталинградском небе уже велись ожесточенные бои. Первую свою победу Ф. Прокопенко одержал 29 июля, во время вылета на прикрытие переправ через Дон в районе Калача, по которым наши войска отходили к Сталинграду.
Патрулировавшие истребители обнаружили подходившую к переправе группу немецких бомбардировщиков под прикрытием четырех Bf 109. Василий Бабков со своим ведомым Ф. Прокопенко вступили в бой с «Мессершмиттами». Один из них сверху атаковал самолет Федора, проскочил вниз — и оказался впереди его Яка. Летчик даже не ожидал, что окажется в таком выгодном положении, но мгновенно сориентировался, поймал вражескую машину в прицел, открыл огонь и зажег ее. Но и самолету Федора Прокопенко досталось. Была пробита одна лопасть винта, отчего оборвалась ее законцовка, повреждена система уборки- выпуска шасси, отбита часть руля поворота. Ф. Прокопенко дотянул до своего аэродрома под прикрытием друзей — А. Шишкина и А. Александрова, и посадил самолет на фюзеляж.
На вопрос присутствовавшего в это время на аэродроме начальника инспекции ВВС полковника Василия Сталина «Будешь сегодня летать?» последовал ответ: «Буду, если есть на чем». — «Летай на моем Яке».