В одном из последующих воздушных боев летчиками полка был сбит немецкий ас Ганс Хуан, имевший на своем счету 108 побед. Немца взяли в плен, доставили в расположение полка. Дали ему возможность посидеть в кабине Як-7, а после поинтересовались его мнением о советской машине. «Истребитель — дрянь, а летчики ваши — еще хуже!» В это время была дана команда на вылет. Обычно с аэродрома, имевшего небольшие размеры, с полосой, прорубленной в лесу, взлетали парами, но в этот раз летчикам полка было нанесено оскорбление, и требовалось показать, на что они способны. Командир полка приказал взлетать не попарно, как обычно делали, а одновременно шестеркой истребителей. Приказ озадачил, но решили, что с «перекрытием» крыльев взлететь по узкой полосе можно.
После взлета шестерки, возглавляемой Ф. Прокопенко, над аэродромом появились возвращавшаяся с боевого задания эскадрилья Долгушина. В это время в! районе аэродрома появилась тройка «Юнкерсов»: те шли бомбить место, где держали собак-минеров. Летчики-истребители сбили все три бомбардировщика. Все это происходило на глазах пленного немца. Изумленный, он сказал: «Да. теперь я понимаю, с кем мы воюем. Это за вами я охочусь от самого Сталинграда».
В одном из боевых вылетов в конце января 1943 г… прикрывая группу бомбардировщиков Tv-2, наносивших удар по Великим Лукам, Ф. Прокопенко вступил в бой шестеркой Яков с большой группой ВГ 109. Сбил ведущего «Мессершмитта», но и сам был подбит: снарядом пробило бензобак. Дотянуть до своего аэродрома не удалось. двигатель на истребителе Прокопенко остановился, и садиться пришлось прямо перед собой, в лес. При посадке в результате множества ударов о стволы деревьев самолет разрушился, сам летчик получил при этом серьезные травмы. После лечения врачебная комиссия не допустила его к летной работе, но Федор «потерял» медицинское заключение и вернулся в свой полк, который в это время вел боевую работу на новых истребителях Ла-5ФН. Вернувшегося летчика, прежде чем допустить к полетам на неизвестном ему типе машины, решили проверить на уже освоенном им Як-7У. Результаты контрольного полета оказались, к сожалению, малоутешительными, и Федор Прокопенко получил допуск к полетам только на биплане У-2.
Вскоре его назначают на должность старшего штурмана дивизии. Ф. Прокопенко работает по наведению наших истребителей на самолеты противника. Затем его командируют на выносной пункт управления командира авиакорпуса. Хорошо ориентируясь в боевой обстановке и имея достаточный опыт в тактике ведения воздушного боя, Ф. Прокопенко умело направлял группы наших истребителей на воздушного противника.
В 1945 г. на трофейном самолете Si 204, находившемся в составе 16-й Воздушной армни, Ф. Прокопенко перевозил прибывшую в Германию из Москвы комиссию во главе с генералом НКВД Серовым.
После окончания войны Федор был уволен в запас, но имея огромное желание летать, вернулся в подольский аэроклуб и освоил там новый тренировочный самолет Як-11. Тренировки в аэроклубе сделали свое дело, и летчик, до того длительное время летавший лишь на тихоходных самолетах, на Як-11 показывал столь же великолепный пилотаж, как и в прежние годы. В 1947 году пятерка Яков, ведомая начальником аэроклуба Ф. Ф. Прокопенко, продемонстрировала свое умение на празднике Дня Воздушного Флота в Тушине.
Стало ясно, что военного летчика слишком рано списали со счетов. В 1949 году его приказом Министерства Обороны определяют в кадры Вооруженных сил и направляют в отдел боевой подготовки ВВС МВО. Через год он переводится в Управление боевой подготовки ВВС СА, осваивает самолет Ли-2, вылетает на Ил-10 и Ил-14. Ф. Ф. Прокопенко планировали послать в Германию на должность заместителя командира транспортного авиаполка, но обстоятельства изменились. Началось формирование Отдельного вертолетного полка на Ми-1. Прокопенко была предложена должность заместителя командира этого полка. Он долго не соглашался, не веря в подобную «лопуховатую» технику. Но в полку требовался командир с большим летным опытом, освоивший многие типы самолетов. и, как человек военный, Ф. Ф. Прокопенко приказ выполнил.