Силы убывали, и для самовыражения у него оставалось ещё поэтическое слово. Последние его стихи пронизаны ощущением ожидания «двойной смерти». В письме от 19 сентября 1554 года он писал другу Вазари: «Вы, конечно, скажете, что я выжил из ума, коль скоро сочиняю сонеты. Многие давно уже считают, что я впал в детство. Дабы не разубеждать их, продолжаю писать стихи»…
Последним папой, с которым пришлось иметь дело Микеланджело, был избранный в 1559 году Пий IV, отпрыск миланской ветви клана Медичи-Пополани, для которых когда-то был создан «Джованнино». Это была личность злобная и коварная. Зная о нелюбви Микеланджело к Медичи, первое, что он сделал, — приказал вычеркнуть имя творца из списка почётных лиц, оставив его в списках конюших, привратников и поставщиков папского двора.
На его интронизацию прибыл герцог Козимо I, посетивший Микеланджело в доме на
Козимо I не успокоился в своём желании вернуть великого мастера во Флоренцию, что придало бы его правлению ещё больший блеск и значимость. С этой целью он посылал к Микеланджело поочерёдно его друзей Челлини и Вазари. Первый после водружения его «Персея» в лоджии Ланци на площади Синьории с воодушевлением делился впечатлениями о бурной жизни во Флоренции, не идущей ни в какое сравнение с сонным Римом. А вот Вазари привёз радостную весть — «Давид» отреставрирован и поломка устранена. Однако Микеланджело промолчал, не желая вдаваться в подробности и ворошить былое.
Работы над собором Святого Петра продолжались, хотя обстановка вокруг стройки не улучшилась, превратившись в настоящий гадюшник. Самый верный и толковый помощник Луиджи Гаэта угодил в тюрьму по голословному обвинению в растрате казённых денег, а распорядитель работ Чезаре из Кастельдуранте, родственник покойного Урбино, был найден заколотым кинжалом. Напряжённость на стройке возрастала, а главный смутьян Нанни ди Баччо Биджо добился даже повышения и был назначен главой административного совета стройки. Такого Микеланджело не мог стерпеть и вне себя от негодования направил папе письмо, потребовав удаления Биджо и угрожая в противном случае отставкой с поста главного архитектора собора. Напуганный грозным тоном письма, папа его отставку не принял, а Биджо прогнал со стройки.
Узнав о новых неприятностях Микеланджело и всё ещё лелея надежду заполучить его к себе, Козимо I направил в Рим посланца с новыми посулами и предложениями. Своими соображениями по поводу этого визита Микеланджело поделился с Вазари, зная наперёд, что высказанные им мысли тут же будут доведены до сведения герцога: «Мессер Джорджо, друг мой, в один из этих вечеров меня дома навестил скромный юноша, камердинер герцога, и сделал мне с любовью и признательностью те же предложения от Его светлости, что и Вы в Вашем последнем письме… Я попросил Его светлость, чтобы он дозволил мне продолжить здесь строительство базилики Святого Петра… потому что если я уеду раньше, то буду причиной большого несчастья, стыда и греха».