В еде он был неприхотлив. Ему трудно было справляться с твёрдой пищей, и он довольствовался какой-нибудь похлёбкой, наскоро состряпанной слугой. На верхний этаж в спальню он редко поднимался из-за одышки и сломанной ноги. Там у него в углу стоял деревянный сундучок со стальными заклёпками и секретным запором, в котором хранились ценности, о чём стало известно только после смерти хозяина. Сундучок был набит золотыми дукатами, уложенными ровными стопками в чулки, банковскими бумагами и векселями. По тем временам их владелец был богат, как Крез, чего не удавалось ни одному итальянскому художнику. Дабы не привлекать ничьё внимание, сундучок был накрыт старым лоскутным одеялом. Когда однажды пронырливый Лионардо поинтересовался его содержимым, то получил такую взбучку за праздное любопытство, что у племянника отпала всякая охота совать нос в дядины дела.
В последние годы Микеланджело много тратил на благотворительные цели: помогал нуждающимся коллегам, многодетным семьям, лишившимся кормильца. Значительные суммы через банк были выданы центру вспомоществования девушкам-бесприданницам, который был учреждён Лоренцо Великолепным. В письмах к Лионардо он поучает: «Лучше бы ты расходовал деньги, которые тратишь мне на подарки, на Христову милостыню». Но просит племянника делать это негласно, не называя его имени. «Пусть я немощный старик, но мне хочется оказывать людям посильную помощь, хотя бы в виде милостыни, так как не могу, да и не умею делать добро иначе».
Он намеревался вложить средства на обустройство и украшение монастыря Сан Сильвестро в память о встречах с Витторией Колонна, но его предложение Римская курия положила в долгий ящик. Себе самому он продолжал отказывать в самом необходимом, довольствуясь малым. Приведённая выше издёвка злобного Бандинелли в связи с отказом от гонорара за работу над собором Святого Петра лишена всяких оснований. Правда, подарки от друзей и почитателей старый мастер получать любил…
Осознанное им чувство «должника» перед Богом и искусством постоянно его тревожило в последние годы. Однажды, узнав о его болезни, в Риме побывал инкогнито племянник. Микеланджело очень огорчился, когда ему доложили о визите Лионардо. В отправленном ему в ответ письме говорится: «Ты прискакал в Рим сломя голову. Не знаю, стал бы ты так торопиться, если бы я был беден и не имел куска хлеба… Ты говоришь, что долг тебе повелевал приехать и что ты это сделал из любви ко мне. Вот так же шашель любит дерево, которое губит… Уже сорок лет, как вы все живёте за мой счёт, и хоть бы раз я услышал от вас доброе слово».
Спал он в мастерской на тюфяке, не раздеваясь и даже не снимая сапоги со шпорами, так как один был не в силах разуться. Засиживаясь обычно допоздна, когда оба парня давно уже мирно похрапывали, он не хотел их будить и звать на помощь.
Каждое утро, подкрепив себя куском хлеба, смоченным в молоке или курином бульоне, он просил оседлать лошадь и верхом совершал прогулку, наведываясь на стройку собора, главной его заботы. Часто там его ждали художники из других стран, сгорая от желания увидеть великого мастера и лично с ним познакомиться. Как всегда, приходилось часто выговаривать подрядчикам за недоделки. Единственным, что могло поднять настроение, была стоящая под навесом готовая деревянная модель будущего купола над собором Святого Петра, и в его воображении возникала картина, как мощный купол однажды гордо вознесётся над Римом.
Пришло приглашение из Венеции, где правительство «царицы Адриатики» предложило ему ежегодный пансион в размере шестисот дукатов без каких-либо обязательств, лишь бы он согласился своим присутствием оказать честь республике. Образованная во Флоренции Академия рисунка избрала его почётным председателем. Но все эти знаки внимания он воспринимал с горькой усмешкой, чувствуя, как силы убывают.
С большим трудом давались ему поездки на стройплощадку собора, откуда он неизменно наведывался на площадь Эзедра, где, как было сказано, шло возведение базилики Санта Мария дельи Анджели на месте грандиозных терм императора Диоклетиана. Но этот проект им не был завершён.