Но Годунов боялся венчаться на царство без присяги Думы. В конце марта патриарх в третий раз собрал шествие в Новодевичий монастырь. Иов просил Бориса вернуться в «царственный град». Борис со слезами сказал, что не хочет престола. Тогда по просьбе патриарха инокиня-царица повелела брату венчаться на царство. Указ царицы позволял обойти присягу Думы. 1 апреля Борис вернулся в Москву. Его торжественно встречали. Борис смиренно отказался от ценных подарков и с поклоном принял хлеб и соль. В Успенском соборе патриарх ещё раз благословил его на царство. Меж тем в Думе бояре наконец договорились и решили передать престол Симеону Бекбулатовичу, великому князю тверскому. Потомок Чингисхана и ордынских царей, он превосходил всех по родовитости, при Грозном год был российским государем и, что существенно, не лез в политику.
Борис решение Думы как бы не услышал. Он решил отвлечь внимание «татарской угрозой». Разрядный приказ объявил, что войска Крымской Орды движутся на Москву. Годунов огласил, что лично возглавит поход на татар. К маю он собрал дворянское ополчение. Боярам оставалось либо занять положенные им «места» в войске, либо потерять заслуженное предками «место». Бояре предпочли сберечь фамильную честь. Огромное войско выступило в поход, но далеко не пошло. На приокских лугах вблизи Серпухова был выстроен «чудный» палаточный город, где воинство проводило время в смотрах, состязаниях и пирах. Борис щедро раздавал награды и разрешал боярские споры. Явились и татары, но не войско, а посольство, привезшее подарки из Крыма и получившее ответные дары. Через два месяца Борис с «победой» вернулся в Москву. Он действительно победил — думская оппозиция как единая сила перестала существовать.
В августе Москва целовала крест новому царю. Осторожный Борис велел целовать себе крест не в зале Боярской думы, а в Успенском соборе под присмотром патриарха Иова. В тексте присяги подданные обещали «богоизбранному» царю «ни думати ...ни дружитесь, не ссылатись с царем Симеоном» и выдавать всех, кто захочет «посадити Симеона на Московское государство». Они клялись не изменять царю, не умышлять на его жизнь и здоровье, не вредить ядовитым зельем, не чародейством, доносить о заговорах, не уходить в иные земли. 3 сентября 1598 г. Борис Годунов венчался на царство в Успенском соборе. Во время венчания Борис не смог сдержать чувств и, обратившись к Иову, сказал громко: «Бог свидетель, сему: никто же убо будет в моем царьствии нищ или беден!» Взяв рукой за ворот рубахи, он добавил: «И сию последнюю разделю со всеми!»
Борис — царь России. Царь Борис начал с благодеяний. Служилым людям выплатил тройное годовое жалованье. Сельский народ на год освободил от податей. Торговым людям даровал право беспошлинной торговли на два года. Многих знатных дворян Борис пожаловал должностями и чинами. Особенно щедро он пожаловал думных бояр: Борис на собственном опыте понял, что от них зависит судьба династии. Даже недругов он наградил: Фёдор и Александр Романовы и Богдан Вельский получили думские чины. Через пять месяцев после венчания Бориса состоялся Земский собор. На сей раз в нем участвовала Боярская дума в полном составе. Участники собора подписали документ, подтверждавший права Годунова и его наследников на престол. Все делалось по закону — основы правления династии Годуновых закладывались на века.
Два первых года называют золотым веком царствования Бориса. Царь вникал в заботы каждого края. Все получили льготы: в Новгороде Борис сложил с гостей и посадских налоги и велел отдавать на откуп мелкие промыслы только посадской молодежи. В Корельском уезде дал налоговые льготы на десять лет; в Перми и Сибири освободил на год инородцев от ясака. Вдовы и сироты получали вспоможение. Сидевших в тюрьмах освобождали, ссыльных возвращали домой. Никого не казнили, даже разбойников. И все же Борис не был уверен в прочности династии. Он стал писать грамоты не только от себя, но от сына. Молитву о здравии Годунова и его дома — ««чтобы юные, цветущие ветви Борисова Дома возросли благословением Небесным и непрерывно осеняли оную до скончания веков!» — требовалась читать на пирах при питье заздравной царской чаши.