Известно также письмо Горсея лорду Берли от 10 июня 1591 г., написанное меньше чем через месяц после гибели царевича Дмитрия: «19-го числа... случилось величайшее несчастье: юный князь 9-ти лет... был жестоко и изменнически убит; его горло было перерезано в присутствии его дорогой матери, императрицы; случились ещё многие столь же необыкновенные дела... После этого произошли мятежи и бесчинства». Здесь допущена неточность: Дмитрий погиб не 19-го, а 15 мая 1591 г. Неточность эта объяснима — расстояние между Ярославлем и Угличем 245 верст, и Нагому требовалось двое суток, чтобы, меняя лошадей, добраться из Углича до английского подворья в Ярославле[28].
Приведенные факты не позволяют считать закрытым дело об Угличском убийстве. Борис Годунов продолжает оставаться подозреваемым. Есть, правда, косвенное подтверждение его невинности. В 1607 г., через полгода после канонизации «невинно убиенного» царевича Дмитрия, царь Василий Шуйский и патриарх Гермоген просили «прежнебывшего» патриарха Иова приехать в Москву, чтобы простить православных христиан в преступлении крестного целования. По приезде Иова, на Церковном соборе от 16 февраля 1607 г., патриархи Иов и Гермоген и все высшее духовенство приняли «прощальную и разрешительную грамоту». В ней написано, что царевич Дмитрий «прият заклание неповинно от рук изменников своих», царь Борис избран законно и русские люди повинны в нарушении крестоцелования его наследникам. Собор не отрицал убийства Дмитрия, ведь его уже признали святым мучеником, но нет и намека на вину Бориса. Трактовка «грамоты» зависит от взглядов историка: её трактуют и как реабилитацию Годунова, и как нужное Шуйскому освящение святости царской власти.
После убийства годуновских чиновников в Угличе и поджогов в Москве Борис расправился с Нагими — мать Дмитрия, Марию, постригли и сослали в монастырь. Братьев Нагих разослали по тюрьмам, их приближенных казнили; сотни угличан и колокол с урезанным «ухом» сослали в Сибирь. Борис приобрёл, наконец, твердую власть. Следующие семь лет прошли спокойно: Борис наслаждался полнотой власти, сказочными доходами с необъятных вотчин, почетом иностранных государей и титулами. В 1595 г. его титуловали: «царский шурин и правитель, слуга и конюший боярин и дворовый воевода и содержатель великих государств, царства Казанского и Астраханского». В эти годы не было казней и ссылок, что говорит о некровожадной натуре Бориса.
Выборы Бориса на царство. Царь Фёдор умер в январе 1598 г., но перед смертью нанес Борису нежданный удар. На все вопросы послушного Борису патриарха Иова, кого назначить преемником, умирающий лишь тихо помянул волю Госиода. Царице своей, Ирине, он наказал «принять иноческий образ». У Годунова были основания обидеться на царственного свояка. И Фёдор не удостоился пострижения[29] и пышных одежд: вскрытие гробницы показало, что он был одет в скромный кафтан и даже сосуд для миро[30] ему положили простой. Через девять дней после смерти супруга Ирина объявила, что уходит в монастырь, и отказалась от власти.
Боярская дума объявила о созыве Земского собора для выбора царя. В Думе мнения разделились, но меньше всего там хотели Годунова. Борис опасался ездить в Думу и перебрался в Новодевичий монастырь, где приняла постриг Ирина. Он приказал не пропускать в Москву бояр, приглашенных Думой, и содействовать подбору правильных выборщиков. В Москву стали съезжаться выборщики Земского собора, в большинстве — духовенство и дворяне, желавшие избрать Годунова. За Бориса был и московский люд, ведь Годунов за свой счёт отстраивал им дома после частых пожаров. 17 февраля патриарх собрал на своем подворье собор из сторонников Годунова, принявших решение об избрании его на царство. В Думе этого решения не признали, но и боярам не удалось уговорить народ присягнуть Думе.
Земской собор организовал шествие к Новодевичьему монастырю. Там патриарх красноречиво, с примерами из византийской истории, призвал Бориса на царство. Борис со слезами отказал, ибо не мыслил посягнуть на «превысочайший царский чин». 21 февраля Иов после ночного богослужения собрал большую толпу и вновь привел к Новодевичьему монастырю. Борис вышел навстречу с иконами; все вошли в церковь; патриарх вновь призвал Бориса на царство, даже грозил ему; просили и грозили выборные бояре и дворяне; простой народ стал кричать, «лица их были багровы от усилия»; Борис стоял, потупив взор, но остался непреклонен. Он обмотал платок вокруг шеи, показал, что скорее удавит себя, чем станет царем, и ушёл в покои сестры. Патриарх и высшие чины собора двинулись следом, вошли к царице и там умоляли её и Бориса. Народ всё кричал. Наконец, вышли и патриарх объявил, что «Борис Фёдорович пожаловал, хочет быть на великом Российском царствии». Закричали уже радостно, а патриарх повел Бориса в монастырский собор и нарек на царство.