Во-первых, у Менделеева не было и не могло быть столкновения с Давыдовым на идейном поле. Дело не только в том, что Добролюбов и Давыдов были литераторами, а Дмитрий — естествоиспытателем. Традиции его семьи, истории корнильевского и Соколовского родов сформировали его как человека труда и долга, обязанного преуспеть в жизни — такой, какая она есть. Одним из самых запомнившихся событий его биографии стал момент, когда он, едва став студентом, должен был собственноручно написать расписку, что обязуется после окончания института отработать преподавателем не менее двух лет за каждый год обучения в институте:
К тому же даже в студенческие годы лояльность Менделеева к институтскому начальству имела свои очень четкие внутренние границы. М. А. Папков рассказывает о случае группового протеста старшекурсников против режима наушничества, широко применявшегося в заведении. Вскрылось, что особенную роль в организации взаимного доносительства играл старший надзиратель А. И. Смирнов. Менделеев не принял в беспорядках никакого участия, а просто вычеркнул это имя из своего круга общения. Выпустившись из Главного педагогического института, он в письмах другу (Папков после реорганизации остался на третьем курсе) просил кланяться всем преподавателям и даже какому-то незаметному надзирателю по имени Александр Львович (фамилию Папков забыл), но только не потерявшему в его глазах репутацию благородного человека Смирнову.
Во-вторых, жесткая регламентация жизни, плотное, неусыпное попечение со стороны взрослых оказались в каком-то смысле спасительными для потерявшего мать и сестру юноши. Здесь о нем по-настоящему заботились, лечили и даже готовы были устроить на учебу в теплые края. Менделеев прекрасно понимал, что ни в одном другом учебном заведении, тем более открытом, учиться не сможет. Нищему студенту необходимы были пропитание, одежда, кров, книги и постоянное квалифицированное лечение — всё это он имел благодаря институту.