Весьма знаменательно, что ненависть Добролюбова к институту была направлена не только против учебного заведения, но и конкретно против его директора Ивана Ивановича Давыдова, с которым он вел просто-таки смертельную борьбу. Когда-то Давыдов, как написано в старом справочнике, был «освежающим элементом» в Московском университете 1820-х годов. Он являлся приверженцем философии Шеллинга, что наложило отпечаток на его деятельность в качестве профессора латинской словесности, философии и даже высшей алгебры и руководителя кафедры русской словесности. Но к тому времени, когда он стал в Петербурге директором Главного педагогического института и членом Главного правления училищ (1847), взгляды его давно переменились: теперь он был сторонником теории официальной народности с ее триадой («Православие, самодержавие, народность»), да к тому же в натуре его проявились такие малоприятные качества, как мелочность и мстительность. Известно, что он, будучи цензором, «придержал» «Русскую хрестоматию» А. Д. Галахова за то, что автор не указал в списке рекомендуемой литературы какой-то его труд. В борьбе между академиком, будущим сенатором Давыдовым и юным студентом историко-филологического факультета Добролюбовым первый нанес второму два очень сильных удара. В 1855 году был произведен обыск в бумагах Добролюбова с целью обнаружить оригинал издевательского стихотворения на юбилей Н. И. Греча, которое написал и пустил по рукам Добролюбов. Оригинала этого длинного, ядовитого, но, увы, недаровитого произведения не нашли; однако были обнаружены и легли на стол директора другие бумаги не менее «подрывного» содержания. Все были уверены, что смутьяна ждет, по крайней мере, исключение из института. Но Давыдов вел себя так, будто ничего не случилось. Конечно же в первую очередь он не хотел привлекать внимание начальства к подведомственному ему заведению, но многим в институте могло показаться, что директор великодушно взял Добролюбова под свою молчаливую защиту. Этого студент простить ему не мог. Второй удар директор нанес накануне выпуска, когда каким-то образом смог внушить товарищам Добролюбова, распределенным в самые дальние гимназии и училища, что их главный «карбонарий» обращался к нему с просьбой о хорошем назначении. Добролюбов, и сам допускавший весьма жесткие методы борьбы с врагом, не нашел для себя возможным объясниться с отвернувшимися от него друзьями, чем обрек себя на жгучие нравственные страдания и еще более ожесточенную, самозабвенную борьбу с Давыдовым. Стоила ли она таких сил и мучений, мы судить не вправе, но цена ее известна: «Всё унес этот проклятый институт со своей наукой бесплодной, всё, даже воспоминания детства».
Духовно близкий Добролюбову Николай Гаврилович Чернышевский, учившийся по соседству в университете и бывший вполне в курсе дел Главного педагогического института, поместил тоже очень выразительную запись в дневнике студента Трофимова — персонажа романа «Пролог»: «Прощай, институт, убивающий умственную жизнь в сотнях молодых людей, рассылающий их по всей России омрачать умы, развращать сердца юношей, — прощай, институт, голодом и деспотизмом отнимавший навек здоровье у тех, кто не мог примириться с твоими принципами раболепства и обскурантизма, — прощай, институт, из которого выносили на кладбище всех, отважившихся протестовать против твоей гнусности…»
А что же Менделеев? Ведь происхождение и юношеские испытания, выпавшие на долю Менделеева и Добролюбова, были удивительно схожи. Добролюбов был из семьи священника; едва поступив в институт, он потерял обожаемую мать, а затем отца и такое количество других близких родственников, что даже боялся открывать письма из дома — почти в каждом сообщалось о чьей-то смерти. Наконец, они оба были больны.
И при этом — разительное отличие в отношении к своему учебному заведению. Что же являлось причиной искренней благодарности Менделеева институту и уважения к Давыдову, который по всем статьям был самый что ни на есть «латинянин» и защитник оторванного от жизни классического образования?