В марте 1887 года полиция арестовала троих студентов университета с самодельными бомбами, предназначенными для покушения на Александра III. Царя вместе с семьей хотели взорвать во время богослужения. Среди них был один из лучших учеников Менделеева Александр Ульянов. Дмитрию Ивановичу принадлежат слова о том, что он ненавидит революцию уже только за то, что она забрала у науки двух самых талантливых его учеников — Ульянова и Кибальчича. Немедленно вслед за этими арестами к университету были применены совершенно чудовищные санкции, отнюдь не придуманные самим правительством, а предложенные в специальном проекте профессором М. И. Владиславлевым. Первым делом министр просвещения И. Д. Делянов (автор «циркуляра о кухаркиных детях», предписывавшего не принимать в гимназию «детей кучеров, прачек, мелких лавочников») потребовал от руководства университета предоставить ему список 800—1000 студентов, которых можно отнести к недостаточно обеспеченным слоям населения. Студенты, испугавшись, что их могут зачислить в голоштанные революционеры, в массовом порядке стали отказываться от получения стипендий. Узнав, что его требование вызвало бурное обсуждение в совете университета, министр немедленно уволил ректора И. Е. Андриевского, деканов Н. А. Меншуткина и Ю. Э. Янсонса. Секретари физико-математического и юридического факультетов сами отказались от своих должностей. Новым ректором был назначен Владиславлев, который немедленно приступил к чистке. 126 студентов, вернувшись к началу учебного года на занятия, узнали о том, что они отчислены лично ректором. Всем, кто намерен был поступать на первый курс, нужно было иметь свидетельство о благонадежности от директора гимназии, а иногородние могли стать студентами только в том случае, если имели возможность жить у родственников, дававших подписку постоянно наблюдать за приезжими. Плата за обучение была повышена до 25 рублей, не считая еженедельной оплаты посещенных лекций того или иного профессора. Стремление ректора сократить (если не убить вообще) новый набор увенчалось успехом: в 1887/88 учебном году было набрано всего 200 новых студентов вместо 650.
Ситуация в университете вызывала у Дмитрия Ивановича приступы всё более усиливавшегося пессимизма. Отвращение к происходящему заставило его отказаться от места штатного профессора, которое он мог занять после смерти в августе 1886 года Александра Михайловича Бутлерова, уход которого он тяжело переживал. Такое решение было им принято даже несмотря на то, что средства, отпускаемые на оплату труда сверхштатных профессоров, как и все университетские финансы, теперь контролировал лично Владиславлев — холуй перед начальством и хам по отношению к профессорам, приват-доцентам и лаборантам. Владиславлев открыто подозревал их всех в подстрекательстве студентов к неповиновению.
В начале декабря питерские студенты были взбудоражены слухами о беспорядках в Московском университете, при подавлении которых оказались убитые и раненые. Эта новость стала последней каплей, переполнившей чашу их терпения. И без того разгневанные недавним увольнением своего любимца профессора истории русской литературы О. Ф. Миллера и упорными слухами, что Владиславлев после Рождества устроит массовое отчисление из университета, студенты, наплевав на запреты, стали собираться на бурные сходки. Владиславлев ответил вызовом полиции, которая стала являться в университет ежедневно, как на работу. Студентов никто не желал слушать, положение складывалось патовое. Тогда группа из двадцати профессоров призвала ректора и министра прекратить занятия в университете. Их голос хотя и не сразу, но все-таки был услышан, университет закрыли до конца января. За это время злопамятный Владиславлев отчислил еще 80 студентов…