Тогда распространение болезни принято было объяснять тем, что болезнетворные частицы, переносимые по воздуху, попадают в дыхательные пути и вызывают заражение. Но Земмельвайсу казалось, что эта гипотеза бессмысленна. Эпидемия послеродовой горячки очевидно не зависела от воздуха — погодные условия, атмосферные явления никак на нее не влияли. Молодой доктор, как и многие другие, обратил внимание, что случаи горячки намного чаще отмечаются среди женщин, рожающих в условиях клиники, чем у тех, кто рожал дома с повитухой. Причины такой разницы казались необъяснимыми, впрочем, никто особо и не задумывался о них.
Много размышляя над загадкой и перечитав множество литературы на эту тему, Земмельвайс пришел к шокирующему заключению, что причиной заболевания является непосредственный физический контакт врача с пациентками — для тогдашней эпохи это было принципиально новой, революционной идеей. Как раз в это время произошло событие, косвенно подтвердившее правильность выводов Игнаца. Профессор его клиники случайно поранил скальпелем палец, производя вскрытие трупа женщины, погибшей от послеродовой горячки, и скончался спустя несколько дней от заражения. При вскрытии у него обнаружили точно такой же гной и некроз тканей, что и у роженицы.
Внезапно Земмельвайс четко понял, как все происходило, и это казалось неоспоримым: доктора-акушеры сами производили вскрытия в прозекторской, после чего, даже не вымыв рук, осматривали рожениц и принимали роды. Именно тогда и происходило заражение, инфекция попадала в кровь женщин через родовые пути и различные повреждения на коже. Акушеры буквально своими руками отравляли пациенток, инфицируя их трупным ядом. Но, если дело в этом, проблему нетрудно решить — достаточно мыть и дезинфицировать руки перед осмотром каждого больного (в то время ничего подобного не делалось). Земмельвайс ввел эту практику в своем отделении, и смертность рожениц мгновенно упала в несколько раз.
Земмельвайс стоял на пороге великого открытия — связи между микроорганизмами и инфекционными заболеваниями. Казалось, его ждут заслуженное признание и блестящая карьера... если бы не одна загвоздка. Руководитель клиники Иоганн Клейн оказался господином весьма консервативным и настаивал на том, чтобы подчиненные руководствовались исключительно общепринятыми в медицине, разрабатываемыми веками методами. Земмельвайса он считал недостаточно опытным врачом, выскочкой, желавшим устроить шумиху вокруг сомнительного открытия и таким способом сделать себе имя.
Земмельвайс продолжал всюду отстаивать свою точку зрения на причины распространения послеродовой горячки. Когда наконец ему удалось продвинуть свою теорию, Клейн пришел в неистовую ярость. Выходило, что молодой сотрудник обвинял врачей, в том числе самого Клейна, в том, что они собственноручно убивают пациенток! С таким «доносом» он не мог согласиться. (Сам Клейн объяснял снижение смертности в отделении Земмельвайса вентиляцией, установленной в палатах по его распоряжению.) В 1849 году, когда контракт Земмельвайса подошел к концу, Клейн отказался его продлить, по сути лишив молодого человека работы.
К тому времени у Земмельвайса было уже несколько единомышленников в медицинском управлении, особенно среди молодежи. Они уговаривали врача провести ряд экспериментов, чтобы подтвердить гипотезу, а затем написать статью в научный журнал, чтобы об открытии узнали в Европе. Однако Земмельвайс не мог переключиться, конфликт с Клейном всецело занимал его внимание. С каждым днем его возмущение росло. Упорство, с которым Клейн цеплялся за смехотворную, уже опровергнутую теорию, становилось преступным. При мысли о том, скольких жизней стоит подобная слепота, у Земмельвайса вскипала в жилах кровь. Разве нормально, что один человек диктует и своей волей определяет, что должно происходить? Почему он, Земмельвайс, должен тратить драгоценное время на доказательства, эксперименты, написание статьей, когда истина и так уже очевидна? Он согласился прочитать несколько лекций на эту тему, в которых с горечью высказывался по поводу узколобости и консерватизма многих представителей медицины.
На лекции Земмельвайса съезжались врачи со всей Европы. Некоторые относились к его гипотезе скептически, однако очень многих удалось переубедить и привлечь на свою сторону. Единомышленники в университете настаивали на том, чтобы талантливый врач продолжал исследования и написал книгу о своей теории. Но, почитав лекции на протяжении нескольких месяцев, Земмельвайс вдруг по непонятным причинам оставил Вену и вернулся в родной Будапешт. Здесь он нашел место в университете и должность врача-акушера, которой его лишили в Вене. Видимо, он ни минуты не мог больше оставаться в одном городе с Клейном и нуждался в свободе действий, даже несмотря на то, что по тем временам Будапешт в медицинском отношении сильно отставал. Друзьям и единомышленникам казалось, что их предали. Рискуя репутацией, они поддерживали Земмельвайса, а он их бросил.