Однако Шлёцер всерьез испугался. Он решил, что Миллер и Ломоносов стремятся не только к удалению его из академии, но и «к моей гибели в серьезном значении». «С давних пор Ирод и Пилат не шли так согласно, рука об руку, как теперь в моем деле». Он уже представлял себе свою могилу в сибирских степях. Храбрость этого неутомимого исследователя, очертя голову отправляющегося в чужие страны, была основана во многом на легкомыслии. Столкнувшись с непривычной для себя реальностью, он становился трусом. Не зная, что предпринять, он попытался — через Брауна — добиться встречи с Ломоносовым и объяснить ему, что он и не хочет оставаться в России и соперничать со здешними учеными, а мечтает о путешествии на Восток. Ломоносов от встречи уклонился, но суть понял. В конце октября он писал в канцелярию: «Что ж надлежит до его освобождения, то я всегда готов и желаю дать ему полную волю на четыре стороны, а паче на восток для собирания там (как он пишет) еще достальных искор (алмазных или каких других, неясно) и оными обогатиться паче всех ювелиров, а не гоняться, как здесь, за пустыми блестками». Однако он не желал, чтобы за Шлёцером в этом случае сохранялась адъюнктская должность и чтобы ему был назначен пенсион. Труды Шлёцера казались ему недостойными того. «Печатающаяся „Российская грамматика“ на немецком языке достойна вечного погашения и забвения. <…> Что же надлежит до исторических изысканий византийского корпуса, то на сей конец уже за несколько лет изыскано мною не токмо все, что до славенских и с ними сплетенных народов надлежит в константинопольских писателях, но и в древнейших греческих». Ломоносов был и против того, чтобы поручить Шлёцеру обучение русских студентов-пансионеров, как тот предлагал. «Не вверяю я Шлёцеру ниже волоса студентского. <…> Есть за морем кроме его довольно славных ученых людей».
Если во «всепокорнейшем ответе» Ломоносов еще нападает на Миллера (которому, дескать, давно пора было подготовить себе русского ученика, а не приглашать неведомого студента из Германии), то в бумагах, написанных осенью, он упоминает об историографе подчеркнуто миролюбиво и уважительно. Два стареющих ученых после многих лет вражды помирились и чуть ли не подружились снова на почве борьбы с молодым талантливым карьеристом. Оба они искали выход на императрицу, чтобы пожаловаться на Шлёцера. В эти месяцы Ломоносов написал послание-панегирик Орлову, а Миллер (первый случай в практике!) немедленно напечатал его в «Ежемесячных сочинениях». Но мнение Теплова, Олсуфьева и Козлова, очень довольных Шлёцером-учителем, перевесило. Главное же — Екатерина была человеком нового поколения. Она знала цену и Ломоносову, и Миллеру, но понимала, что историческая правота в этом конфликте за Шлёцером, что будущее — за ним.
Двадцать девятого декабря, под Новый год, Шлёцера ожидало радостное известие: он получил звание ординарного профессора и 860 рублей жалованья. Ему был предоставлен трехмесячный отпуск с сохранением содержания. Более того: его труды освобождались от рассмотрения Академическим собранием и могли печататься с личного одобрения императрицы. Такую же точно милость оказал впоследствии Пушкину Николай I: но одно дело, когда государь берет на себя функции цензора, и совсем другое — когда его благоволение заменяет научную экспертизу. При этом академия обязана была предоставлять молодому историку любые книги и манускрипты по первому его требованию.
Разумеется, Шлёцер через два года уехал в Гёттинген. Разумеется, ко второй, популяризаторской части своего плана он так и не приступил. И все же расчет Екатерины оказался верен. Уже первые труды Шлёцера, появившиеся на его родине, — «Изображение российской истории» (1769), «Представление всеобщей истории» (1772) содержали новый для Запада взгляд на прошлое и настоящее нашей страны. Русские были включены в число великих народов — распространителей цивилизации. Получив некогда эстафету от норманнов и Византии, «Россия победоносная», «Россия цветущая» (пришедшая на смену «России разделенной» и «России утесненной») несет ее дальше — вглубь Азии.
Если эти концепции, как и концепции Ломоносова, все-таки принадлежат своему веку, то выдающаяся роль Шлёцера — издателя и комментатора адекватного текста «Повести временных лет» и других летописей, автора монографии «Нестор» (1802) — не подлежит никакому сомнению. Как писал С. М. Соловьев, «заслуга Шлёцера состоит не в установлении верных взглядов на явления всемирной истории, его заслуга состоит в том, что он ввел строгую критику, научное исследование частностей, указал на необходимость полного, подробного изучения вспомогательных наук для истории; благодаря Шлёцеровой методе наука стала на твердых основаниях, ибо он предпослал изучению исторической физиологии занятие историческою анатомией».