Претензии Миллера были другими: они носили в меньшей степени личный, в большей — политический характер. Хорошо зная Шлёцера, он, в отличие от Ломоносова, не сомневается в его способностях. Но «естьли б он вознамерился, не токмо несколько, но много лет, по состоянию обстоятельств всю свою жизнь препровождать в здешней службе, то мог бы Академии и Обществу, яко профессор и ординарный член Академии оказать не малые услуги. <…> Обязательство на два, три, на пять, да и на десять лет не может быть признано за действительное. Такое обязательство подало бы ему больше известий, которые он по возвратном своем прибытии в Германию мог бы употреблять с большою прибылью; но я не вижу, какой чести и пользы Россия из того ожидать себе имеет». К тому же писать вне России о русской истории трудно: «…писателю останутся… <…> неизвестные обстоятельства, кои ему там никто изъяснить не сможет». И, наконец, «склонность к вольности может подать повод издавать в печать много такого, что здесь будет неприятно». Миллер напоминает, что это он на свой счет выписал Шлёцера в Россию и содержал его в своем доме полгода. (Шлёцер от любого напоминания об этом приходил в бешенство.) Вот если бы талантливый молодой человек навсегда остался в России — он, Миллер, постепенно передал бы ему все свои труды и собрания. В противном случае «можно определить иностранным членом с пансионом, и за то требовать, чтобы он ничего, что до России касается, в печать не издавал, но паче все свои о России сочинения для напечатания сюда присылал».
На «мнение» Ломоносова Шлёцер не счел нужным отвечать; в его длинном и патетическом тексте, названном «Состояние дела адъюнкта Шлёцера», со страстью обличается Миллер. «Тот человек, который меня сюда призвал, чтобы упражняться в российской истории, который видел, с какой безмерной ревностью следую я своему назначению; самый тот человек делает все возможное, чтобы мне воспрепятствовать…» Адъюнкт настаивает на единстве мировой науки, доказывает, что «издаватель древних летописцев не может повредить честь государства». Да и вообще он не собирается в ближайшие годы выпускать в свет сделанные им копии — ведь «издание российских летописцев не такое дело, чтобы на оное можно было употребить одни свободные от прочих часов труды», а «Георг Третий не для того зовет меня в Гёттинген, чтобы трудиться в сочинении российской истории».
Как видим, именно Миллер первым завел разговор о переписанных Шлёцером манускриптах и о том сомнительном употреблении, которое он может сделать им за границей. Но Ломоносов подхватил тему, более того — он сразу же перешел от слов к делу, написав (первый и последний случай в практике) через голову президента Академии наук (находившегося в отъезде) жалобу в Сенат, в которой потребовал изъять у Шлёцера копии древних российских рукописей. Сенат распорядился сделать это. Однажды утром до смерти смущенный и расстроенный Тауберт приехал домой к своему другу и сообщил ему, что, к сожалению, вынужден исполнить приказ вышестоящего начальства. Естественно, все было осуществлено самым щадящим образом, более того — когда несколько дней спустя Разумовский вернулся в Петербург, отобранные рукописи были возвращены, а Ломоносову пришлось держать ответ за нарушение субординации. В этом «всепокорнейшем ответе» Ломоносов предлагает следующее решение судьбы Шлёцера: либо постараться удержать его в России, назначив не ординарным, конечно, но экстраординарным профессором (с жалованьем 600 рублей) и ректором гимназии, с обязательным чтением в университете лекций по всеобщей истории, либо «отпустить за поручительством того, кто столь много вверил ему библиотеку без указу [135], и за подпискою, что оный Шлёцер, выехав из России, ничего в других краях об оной издавать не будет, а особливо поносительного и предосудительного, кроме благопристойного, что здешняя Академия ему письменно позволит».