Резюме этого краткого обзора полемики вокруг ДЖ настолько афористично, что достойно быть процитированным практически полностью: «Споры вокруг статуса древа жизни (ДЖ) часто продолжаются без договоренности о том, чем же оно должно являться: иерархической схемой классификации, прослеживанием истории геномов и организмов или гипотезой об эволюционных процессах и тех паттернах, которые они могут порождать. Я утверждаю, что для Дарвина эта была гипотеза, ошибочность которой демонстрируется латеральным переносом генов в прокариотах».
Первый принципиальный пересмотр концепции ДЖ, основывающийся на открытии обширного ГПГ среди прокариот. Классический образ трехдоменного ДЖ заменяется метафорой сети, также содержащей три основных ствола, но демонстрирующей также множественные горизонтальные связи — в таком большом количестве, что стволы едва различимы.
Замечательный сплав философии и биологии. Работа иллюстрирует, как одна и та же (древовидная) структура возникает в различных процессах, некоторые из которых не древовидны вообще. Дулитл и Батист заключают: «Плюрализм структуры (признание того, что различные эволюционные модели и представления взаимоотношений будут присущи и истинны для разных таксонов или при разных масштабах или для разных целей) является привлекательной альтернативой донкихотской погоне за единственно истинным ДЖ».
Расширенный аргумент в пользу того, что древовидная структура является центральной в эволюции, выведенный из фундаментального процесса бинарной репликации. Ввиду того, что гомологичная рекомбинация внутри генов встречается значительно реже, чем между генами, эволюция отдельных генов оказывается в основе своей древовидной, а описание эволюции генома можно получить, разыскивая тенденции в «лесу» деревьев генов.
Профессиональный философ и эволюционный биолог представляют классификацию постсовременных взглядов на ДЖ, от отрицания сколько-нибудь существенного вклада ГПГ до категорического отказа от «древесного мышления».
Количественная классификация эволюции прокариот на древовидные и сетевидные компоненты, поддерживающая концепцию латеральной геномики, но также раскрывающая центральную древообразующую тенденцию в эволюции прокариот.
Всестороннее сравнение топологий примерно 7000 филогенетических деревьев, которые составляют прокариотический ЛЖ. Анализ раскрывает объективную центральную тенденцию в ЛЖ и показывает, что модель сжатого кладогенеза для основных эволюционных переходов лучше совместима с фактами, чем модель биологического Большого взрыва.
Глава 7
Происхождение эукариот: эндосимбиоз, удивительная история интронов и исключительная важность единичных событий в эволюции