Читаем Логика случая. О природе и происхождении биологической эволюции полностью

Анализ последовательностей выявил несколько категорий вирусных генов, принципиально отличающихся по происхождению (Koonin et al., 2006). Можно обсуждать, какая степень дробности классификации оптимальна, но четко различаются по меньшей мере пять классов, укладывающихся в три более крупные категории.

Гены с четко опознаваемыми гомологами у клеточных форм жизни:

1. Гены с близкими гомологами у клеточных организмов (обычно это хозяева данного вируса) присутствуют у узкой группы вирусов.

2. Гены, консервативные среди большой группы вирусов или даже нескольких групп и имеющие относительно отдаленные клеточные гомологи.

Вирус-специфичные гены:

3. Гены-сироты[106] — гены без выявленных гомологов, кроме как у близкородственных вирусов.

4. Вирус-специфические гены, консервативные для (относительно) широкой группы вирусов, но не имеющие гомологов у клеточных форм жизни.

5. Гены — вирусные сигнатуры.

Вирусные сигнатуры — это гены, общие для многих разнообразных групп вирусов, имеющие лишь отдаленные гомологи у клеточных организмов, для которых имеются убедительные свидетельства в пользу монофилии (общего происхождения) всех вирусных членов соответствующих семейств генов. Словосочетание «гены-сигнатуры» было использовано, чтобы подчеркнуть, что эти гены являются признаками «вирусного состояния».

Относительный вклад каждого из этих классов генов в наборы генов различных вирусов зависит от размера вирусного генома и его генетической сложности, которые разнятся более чем на три порядка (см. рис. 10-1). Вирусы с малыми геномами, такие как большинство РНК-вирусов, часто обладают лишь несколькими генами, большинство из которых принадлежат к классу генов-сигнатур. Напротив, у вирусов с большими геномами, например поксвирусов, широко представлены все пять классов. Чтобы проиллюстрировать разнообразие генетического состава, на рис. 10-2 показана разбивка набора генов трех вирусов, обладающих малым, средним и крупным геномами соответственно, на пять классов генов. Интересно, что крупные и среднего размера геномы бактериофагов и вирусов архей заполнены «сиротами», которые зачастую составляют более 80 процентов генов этих вирусов. Быстро эволюционирующие «гены-сироты» фагов, возможно, поставляют много, если не большинство «генов-сирот», которые находят в геномах прокариот (несмотря на отсутствие выявляемой консервативности последовательностей), так что они играют ключевую роль в эволюции прокариот (Daubin and Ochman, 2004).

Происхождение пяти классов вирусных генов, скорее всего, различно. Два класса генов, имеющих легко распознаваемые гомологи в клеточных формах жизни, вероятно, представляют собой соответственно относительно недавние (класс 1) и древние (класс 2) заимствования из геномов клеточных хозяев. Откуда произошли вирус-специфические гены — это значительно более трудный и интересный вопрос. Первая возможность заключается в том, что эти гены произошли от других генов вирусов или хозяев, но резкое ускорение эволюции, связанное с появлением новых, специфических вирусных функций, стерло все следы их происхождения. Это соображение согласуется с тем фактом, что многие (возможно, большинство) генов 4-го класса (вирус-специфических генов, консервативных среди группы вирусов) — компоненты вириона, то есть несут важнейшую для вируса функцию, для которой нет эквивалента у клеточных форм жизни. Мы пока отложим обсуждение других путей возникновения и эволюции вирус-специфических генов и обсудим эволюцию вирусных генов-сигнатур. Гены-сигнатуры, пересекающие границы, пролегающие между самыми разными эволюционными линиями вирусов, — глубоко интересный и значимый объект для понимания эволюции и происхождения вирусов.

Перейти на страницу:

Все книги серии Занимательная наука (Центрполиграф)

Откуда приходят герои любимых книг. Литературное зазеркалье. Живые судьбы в книжном отражении
Откуда приходят герои любимых книг. Литературное зазеркалье. Живые судьбы в книжном отражении

А вы когда-нибудь задумывались над тем, где родилась Золушка? Знаете ли вы, что Белоснежка пала жертвой придворных интриг? Что были времена, когда реальный Бэтмен патрулировал улицы Нью-Йорка, настоящий Робинзон Крузо дни напролет ждал корабля на необитаемом острове, который, кстати, впоследствии назвали его именем, а прототип Алеши из «Черной курицы» Погорельского вырос и послужил прототипом Алексея Вронского в «Анне Карениной»? Согласитесь, интересно изучать произведения известных авторов под столь непривычным углом. Из этой книги вы узнаете, что печальная история Муму писана с натуры, что Туве Янссон чуть было не вышла замуж за прототипа своего Снусмумрика, а Джоан Роулинг развелась с прототипом Златопуста Локонса. Многие литературные герои — отражение настоящих людей. Читайте, и вы узнаете, что жил некогда реальный злодей Синяя Борода, что Штирлиц не плод фантазии Юлиана Семенова, а маленькая Алиса родилась вовсе не в Стране чудес… Будем рады, если чтение этой книги принесет вам столько же открытий, сколько принесло нам во время работы над текстом.

Юлия Игоревна Андреева

Языкознание, иностранные языки
Знаем ли мы все о классиках мировой литературы?
Знаем ли мы все о классиках мировой литературы?

…«И гений, парадоксов друг» – гений и впрямь может быть другом парадоксов своей биографии… Как только писателя причисляют к сонму классиков – происходит небожественное чудо: живого человека заменяет икона в виде портрета в кабинете литературы, а всё, что не укладывается в канон, как будто стирается ластиком из его биографии. А не укладывается не так уж мало. Пушкин – «Солнце русской поэзии» – в жизни был сердцеедом, разрушившим множество женских судеб, а в личной переписке – иногда и пошляком. Можно умиляться светлым отрывкам из недавно введённого в школьную программу «Лета Господня» Ивана Шмелёва, но как забыть о том, что одновременно с этой книгой он писал пламенные оды в поддержку Гитлера? В школе обходят эти трудности, предлагая детям удобный миф, «хрестоматийный глянец» вместо живого человека. В этой книге есть и не слишком приглядные подробности из биографий русских классиков. Их вполне достаточно для того, чтобы стряхнуть с их тел гранитно-чугунную шинель официозной иконы. Когда писатели становятся гораздо более живыми, чем на страницах учебников, то и их позитивное воздействие на нас обретает большую ценность.

Мария Дмитриевна Аксенова

Литературоведение
Логика случая. О природе и происхождении биологической эволюции
Логика случая. О природе и происхождении биологической эволюции

В этой амбициозной книге Евгений Кунин освещает переплетение случайного и закономерного, лежащих в основе самой сути жизни. В попытке достичь более глубокого понимания взаимного влияния случайности и необходимости, двигающих вперед биологическую эволюцию, Кунин сводит воедино новые данные и концепции, намечая при этом дорогу, ведущую за пределы синтетической теории эволюции. Он интерпретирует эволюцию как стохастический процесс, основанный на заранее непредвиденных обстоятельствах, ограниченный необходимостью поддержки клеточной организации и направляемый процессом адаптации. Для поддержки своих выводов он объединяет между собой множество концептуальных идей: сравнительную геномику, проливающую свет на предковые формы; новое понимание шаблонов, способов и непредсказуемости процесса эволюции; достижения в изучении экспрессии генов, распространенности белков и других фенотипических молекулярных характеристик; применение методов статистической физики для изучения генов и геномов и новый взгляд на вероятность самопроизвольного появления жизни, порождаемый современной космологией.Логика случая демонстрирует, что то понимание эволюции, которое было выработано наукой XX века, является устаревшим и неполным, и обрисовывает фундаментально новый подход — вызывающий, иногда противоречивый, но всегда основанный на твердых научных знаниях.

Евгений Викторович Кунин

Биология, биофизика, биохимия / Биология / Образование и наука

Похожие книги

Психология стресса
Психология стресса

Одна из самых авторитетных и знаменитых во всем мире книг по психологии и физиологии стресса. Ее автор — специалист с мировым именем, выдающийся биолог и психолог Роберт Сапольски убежден, что человеческая способность готовиться к будущему и беспокоиться о нем — это и благословение, и проклятие. Благословение — в превентивном и подготовительном поведении, а проклятие — в том, что наша склонность беспокоиться о будущем вызывает постоянный стресс.Оказывается, эволюционно люди предрасположены реагировать и избегать угрозы, как это делают зебры. Мы должны расслабляться большую часть дня и бегать как сумасшедшие только при приближении опасности.У зебры время от времени возникает острая стрессовая реакция (физические угрозы). У нас, напротив, хроническая стрессовая реакция (психологические угрозы) редко доходит до таких величин, как у зебры, зато никуда не исчезает.Зебры погибают быстро, попадая в лапы хищников. Люди умирают медленнее: от ишемической болезни сердца, рака и других болезней, возникающих из-за хронических стрессовых реакций. Но когда стресс предсказуем, а вы можете контролировать свою реакцию на него, на развитие болезней он влияет уже не так сильно.Эти и многие другие вопросы, касающиеся стресса и управления им, затронуты в замечательной книге профессора Сапольски, которая адресована специалистам психологического, педагогического, биологического и медицинского профилей, а также преподавателям и студентам соответствующих вузовских факультетов.

Борис Рувимович Мандель , Роберт Сапольски

Биология, биофизика, биохимия / Психология и психотерапия / Учебники и пособия ВУЗов