25 февраля 2-я дивизия линейных кораблей Первого флота была передана в состав Объединенного флота. 1 мая оба линкора-авианосца были включены в состав 4-й дивизии авианосцев Пятого флота, контр-адмирала М. Чиаки. В этот же день к "Исе" и "Хьюге" была приписана воздушная 634 группа. 31 мая 1944 года корабль прибыл в Куре для прохождения текущего докования и работ по усилению зенитного и электронного вооружения. На корабле установили 47 25-мм зенитных автоматов (12 3-х ствольных, 11 одноствольных). Также установили 2 радиолокационные станции "Тип 22", скорее всего, в это же время были смонтированы две станции наблюдения за воздушной обстановкой "Тип 13" и радиолокационные приборы управления огнем "Е 27".
7 июня 1944 г. работы завершили, и начались испытания. Первый самолет взлетел с "Исе" 23 июня. 10 июля в состав 4-й дивизии авианосцев был включен "Дзунье". Тем временем "Исе" по мере возможности продолжал боевую подготовку, правда в основном на якоре, в Японии начал ощущаться дефицит нефти. 10 августа в составе 4 дивизии авианосцев появился еще один авианосец "Рюхо", а число самолетов в приданной авиагруппе увеличилось до 130.
8 сентябре на борту "Исе" появилось новое оружие 6 127-мм пусковых установок зенитных ракет. Ракеты имели фосфорный двигатель, шрапнельный заряд и дистанционный взрыватель. Установки разместили в кормовой части на спонсонах, их расчет получил специальное обмундирование и в момент залпа должен был уходить в укрытие.
5 октября, в рамках подготовки к операции "Сё" была проведена последняя реорганизация флота, и 4-я дивизия авианосцев, в которой остались только два "гибрида", была передана в состав Объединенного флота. А если уточнить, то в состав Мобильного (оно же Ударное соединение). Командовал им вице-адмирал Д. Одзава.
Кроме 4-й дивизии авианосцев, ему подчинялись 3-я дивизия авианосцев ("Дзуйкаку", Дзуйхо", "Читосе", "Чийода") и 13-е эскортное соединение, основу которого составляли легкие крейсера "Ойодо", "Исудзу", "Тама", 4 эсминца и 4 эскортных миноносца. На бумаге силы Одзавы выглядели очень внушительно, но на авианосцах почти не было самолетов. Например, 634 авиагруппа должна была действовать с береговых аэродромов на Формозе.
Японское командование решило, что судьба империи будет решена в артиллерийских боях, авианосцы должны были сыграть роль приманки которая привлечет к себе внимание американцев и облегчит выполнение задач артиллерийским кораблям. К 20 октября корабли Одзавы собрались на якорной стоянки Яшима, где был пополнен запас топлива. В 18 ч они вышли в море, оперативный план "Шо Го" начал выполняться.
При проходе проливом Бунго была зафиксирована работа радиолокаторов американских подлодок. В воздух был поднят противолодочный патруль. День 21 октября прошел относительно спокойно, только около 12 ч акустики слышали шум винтов торпед, и был выполнен маневр уклонения. 22 октября группа радиоразведки на "Хьюге" перехватила переговоры американцев по УКВ, стало ясно, что противник находится южнее и движется на NNW. В этот же день начали пополнять запас топлива, но из-за появления вражеской субмарины процедуру пришлось прервать.
24 октября соединение перестроилось в боевой ордер. В 11 ч 45 мин на "Дзуйкаку" был поднят знаменитый флаг "Z", до этого его несли броненосец "Миказа" 27 мая 1905 года и авианосец "Акаги" 7 декабря 1941 года. В 15 ч 15 мин "гибриды" были выдвинуты вперед, на случай внезапного появления противника. Вскоре их обнаружил американский самолет-разведчик. Переданная им радиограмма была полна ошибок, пилоты насчитали 4 линкора (один из них с полетной палубой), 5-6 крейсеров и 6 эсминцев. Получивший это сообщение адмирал Хэлси приказал идти навстречу японцам и уничтожить их в артиллерийском бою. Времени до темноты было мало, и удар палубной авиации был перенесен на завтра. В 22 ч 55 мин передовое охранение повернуло к главным силам Одзавы.
25 октября "И се" наконец-то принял участие в бою, который вошел в историю как бой у мыса Энгано. Интересно то, что с испанского это название переводится как приманка. В 7 ч авангард присоединился к главным силам.
Вскоре Одзава разделил свои корабли на две группы. "Исе", "Дзуйкаку", "Дзуйхо", "Ойодо", "Тамма" с 5 эсминцами и эскортными миноносцами вошел в состав 5 группы, которая шла головной. Все утро радиометристы линкора-авианосца фиксировали пролеты вражеской авиации. Самолеты стартовали с авианосцев "TF 38", которым командовал адмирал М. Митчер. В 8 ч 20 мин американские самолеты обнаружил радиолокатором "Исе". Он же первым открыл огонь главным калибром, используя зенитные снаряды "Саншики дан". Во время этого налета рядом с бортом линкора взорвались две бомбы. Следующий налет состоялся около 10 ч утра, зенитчики линкора-авианосца доложили о том, что из 10 непосредственно атаковавших пикировщиков было сбито 5. Рядом с бортом взорвалось 8 бомб, а одна небольшого калибра взорвалась на крыше второй башни.