Таким образом, доверие Юстиниана к компетентности папы в догматических вопросах и к справедливости папских требований было поколеблено уже в самом начале выступления его на церковно — политическую деятельность. Тем скорее и легче он мог затем убедиться в нецелесообразности принятых в угоду Риму в 518 г. слишком крутых мер против монофизитов, которые могли лишь более ожесточить гонимых и вызвать сочувствие к ним в населении. Сделавшись императором, сам он принимает иную политику: прекратив преследования, по совету Феодоры, вступает на путь мирных рассуждений с несогласными. Некоторые из изгнанных в 518 г. епископов (общим числом шесть) приглашаются в Константинополь, и устраивается, вероятно в 533 г., диспут с ними пяти православных епископов (collatio cum Severianis подробно описан в письме одного из православных участников — Иннокентия Маронийского). Монофизитами было подано предварительное заявление императору, где они высказывались против несторианства и евтихианства, но они отвергали также и Халкидонский собор, и томос Льва и обосновывали свои мнения выписками из св. отцев. Рассуждения продолжались два дня; со стороны православных выступал Ипатий Ефесский. Севириане согласились, что Евтихий неправильно был оправдан Диоскором, но что и созванный для исправления дела Халкидонский собор тоже поступил неправильно, отвергнув и не утвердив послание Кирилла к Несторию с 12 анафематизмами и некоторые другие послания (к Евлогию, к Сукцессу 2–е) и затем — приняв Феодорита и Иву. Ипатий отвечал, что основывается на подлогах аполлинаристов, что собор указанных посланий Кирилла не отвергал (некоторые же и из них подверглись искажению), что Феодорит и Ива приняты после того, как анафематствовали Нестория, причем подлинности писем Ивы не доверял еще Кирилл. Эти разъяснения не удовлетворили, однако, монофизитов, и православным пришлось даже затем оправдываться перед императором от обвинения в несторианских тенденцлях и в том, что они не признают будто бы Сына «единым из Св. Троицы». Присоединился к православным из участвовавших к конференции епископов один лишь Филоксен Дорилейский. Император, сам обращавшийся после диспута к монофизитам с речью, подтвердил законом (15 марта 533 г.) значение Халкидонского собора, издал особый указ о том патриарху и уведомил папу. Увещания продолжались и далее и имели следствием обращение если не епископов, то многих клириков и монахов.
Феодора между тем прямо взяла монофизитов под свое покровительство. Когда умер в Александрии монофизитский патриарх Тимофей (7 февраля 535 г.), монофизит Феодосии был избран по ее влиянию. В Константинополе затем, уже по смерти патриарха Епифания (5 июня), кафедра была замещена по ее воле Анфимом, который в сане епископа Трапезунтского участвовал в конференции 533 г. как один из представителей православной стороны, но потом перешел на сторону монофизитов; после 533 г. он проживал, по — видимому, в Константинополе и известен был за самого строгого аскета. Анфим вошел в сношения с Севиром и через его посредство с Феодосием, обменявшись посланиями с ними, признал Энотикон и анафематствовал Халкидонский собор и томос Льва. Сам Севир, который был еще раньше приглашаем Юстинианом в Константинополь, теперь (в 535 г.) пришел сюда и получил, при покровительстве Феодоры, помещение в самом дворце. Принимать Халкидонский собор монофизиты вовсе не думали и пользовались лишь удобством своего положения в целях пропаганды. Пропагандой усердно занимались проживавшие в Константинополе Петр, бывший епископ Апамейский, и особенно монах Зоора .