Летом 1836 года Казань посетил император Николай I. Существует легенда, что архимандрит Зилантова монастыря Гавриил рассказал царю, что склеп церкви Нерукотворного образа соединен подземным ходом с Казанским кремлем. И, мол, император настолько заинтересовался, что даже сам спускался в тот ход. Но, скорее всего, это только легенда: геологи утверждают, что такой ход почти сразу же был бы затоплен речными водами. Но подземелья у храма есть, и их можно осмотреть.
Пройти к этой странной церкви можно по песчаной насыпи и шаткому деревянному мосту. Вход в подземелье находится с боковой стороны памятника. Центральное место в подземелье называется храмом в честь преподобного Илии Муромца. В центре помещения стоит стеклянный саркофаг с человеческими черепами: до того, как пол подземелья залили бетоном, в период паводка из-под земли вымывалось большое количество костей. Кроме того в храме лежат старинные снаряды, копья, мечи и прочая военная атрибутика.
Иногда спрашивают, почему в центральном саркофаге и в нишах вдоль стен выставлено множество черепов, но почти нет других костей скелетов.
Объяснение нелицеприятно: в советское время, когда памятник никем не охранялся, сборщики утильсырья подъезжали на телегах, грузили кости возами и сдавали их в утиль (килограмм костей стоил 12 копеек).
Наиболее известны из подземелий Самары три бункера: бункер Сталина, бункер Штаба армии (правительства) и бункер Берии. Названия даны условно, так как неопровержимых и документальных сведений, так или иначе называющих подземелья, нет. Два из них, бункер Берии и бункер Штаба армии, находятся в заброшенном состоянии. Энтузиасты-диггеры проникают туда со стороны Волги и рассказывают, что большая часть помещений затоплена, а потолки и стены покрыты натечными образованиями. Имеются даже сталактиты и сталагмиты длиной до полутора метров, но есть один двухметровый.
Бункер Сталина используется как музей. Он был рассекречен только в конце 80-х годов. Вход находится в здании, где ранее располагался обком КПСС. Большинство работников обкома даже не догадывались о существовании такого объекта. Бункер Сталина представляет собой один из мощнейших бункеров своего времени, во всяком случае, самый мощный из всех рассекреченных. Строительство бункера велось с марта по декабрь 1942 года. За это время было извлечено 25 тысяч кубометров грунта, уложено более 10 тысяч тонн бетона, смонтировано 5 тысяч тонн металлоконструкций.
Общая глубина бункера — 37 метров, из которых последние четыре заняты канализационными и другими коллекторами, а сами помещения располагаются на тридцати трех метрах под землей. Дно бункера находится выше уровня Волги, и опасности затопления нет.