С первых же дней нового царствования Кутузов, по-видимому, пользовался доверием молодого государя. Но 16 апреля 1801 года, посреди всеобщего ликования, связанного со вступлением на трон молодого, великодушного царя, «екатерининский орел» осмелился высказать неудовольствие монарху, отступившему от обещания царствовать «по духу Екатерины». В письме генерал-прокурору Сената А. А. Беклешову «угодливый» и «льстивый придворный» предстал совсем в ином виде, гневно, хотя и в рамках приличий, опротестовав милостивое разрешение государя о возвращении в Россию участников Польского восстания 1794 года: «Литовский гражданский губернатор представляет ко мне, что по получении там всемилостивейшего Его Императорского Величества манифеста, в 15-й день марта состоявшегося, о прощении всех из России бежавших и в Молдавии, и в прочих заграничных местах скрывающихся, и о дозволении возвратиться восвояси, некоторые из тамошних первостепенных дворян отнеслись к нему с вопросом, могут ли сею высокомонаршею милостию воспользоваться также те из литовских дворян, кои по участвовании в делах последнего в Польше мятежа скрылись за границу и коих после высочайше запрещено было впускать в пределы России. <…> Я <…> равномерно нахожусь в затруднении сделать разрешение на возврат их в отечество, тем паче, что о невпуске их в пределы России были особенные запрещения от Ее Императорского Величества блаженные памяти покойной Государыни Императрицы Екатерины Алексеевны, и что имения некоторых из них, яко бывших уже подданных российских по губерниям Минской, Волынской и Подольской и присоединившихся потом к мятежникам, за нарушение верности присяги конфискованы и всемилостивейше пожалованы разным особам