середина зимы 1941 г. — нарком ВМФ объявил на совещании командиров-подводников ЧФ о введении на флотах отделов подводного плавания, подчиненных непосредственно командующим, в целях совершенствования организации службы на лодках и лучшего освоения техники.25 декабря 1941 г. — 2 января 1942 г. — Керченско-Феодосийская операция. Она вошла в историю Великой Отечественной войны как «не только образец отваги воинов. Это была самая крупная десантная операция нашего флота, хорошо разработанная, несмотря на крайне сжатые сроки ее подготовки. Действия нашего флота мы оцениваем по тому, насколько полезны они были для общего дела борьбы с врагом… Что принесло пользу стране, то и надо признать разумным в действиях флота» (Кузнецов Н.Г. На флотах боевая тревога. М., 1971. С. 149). В разработке и проведении этой операции участвовал и нарком ВМФ. В результате в Крыму был создан новый фронт. Противник потерял возможность вторгнуться через Керченский полуостров на Кавказ и был вынужден прекратить наступление под Севастополем, оборона которого продолжалась еще полгода.
1942 г.
Деятельность наркома ВМФ имела свои особенности. Они заключались в том, что он ставил задачи флотам на каждый год, руководствуясь сложившейся обстановкой на огромном сухопутном фронте. Подчиняя действия флота интересам армии, нарком и его аппарат анализировали состояние боевой готовности флотов, результаты выполнения задач в морских операциях и определяли новые, исходя из конкретной оперативно-стратегической обстановки. Так, например, на 1942 г. нарком ВМФ поставил Северному флоту следующие задачи: не допустить захвата районов базирования флота, прорыва кораблей и высадки десантов в Кольском заливе, Иоканке и Белом море, содействовать флангу 14-й армии авиацией, артогнем, десантными и морскими перевозками, продолжить нарушение перевозок противника в Норвежском и Баренцевом морях и запретить использование Петсамо в качестве конечного пункта перевозок; активизировать действия подлодок, авиации и надводных кораблей против боевых кораблей и транспортов противника, систематически производить активные минные постановки; обеспечить движение внешних конвоев усилением охранения и всеми видами обороны в прибрежной зоне; сохранить морскую коммуникацию Мурманск — Белое море — Арктика.
12 января — приказал преобразовать Краснознаменный смешанный авиаполк в 20-й гвардейский Краснознаменный авиаполк.-
16 марта — командировал во Владивосток (в связи с директивой ВГК Дальневосточному фронту, Тихоокеанскому флоту и Амурской военной флотилии разработать и уточнить планы боевых операций на случай внезапного нападения Японии) начальника ГМШ адмирала И.С. Исакова для разработки совместно с военсоветом ТОФа плана предохранительных мер.
3 апреля — приказал удостоить гвардейского звания крейсер «Красный Кавказ» на ЧФ (пр. № 137), подводные лодки М-171, М-174, Д-3, К-22, эсминец «Стойкий», минный заградитель «Марат» («Ока») и тральщик Т-205 на С.Ф. Родилась морская гвардия, традиции которой сохраняются экипажами современных кораблей, унаследовавших гвардейские военно-морские флаги кораблей-героев.
4 апреля — утвердил и ввел в действие план предохранительных мер на ТОФе, которым предусматривались усиленная разведка подводными лодками у японских баз, повседневная воздушная разведка самолетами на юг до Гензана и на восток к берегам Японии, не нарушая границ.
апрель — приказал сформировать на Онежском озере онежский отряд кораблей, более сильный, чем флотилия, с непосредственным подчинением наркому ВМФ.
апрель — вылетел вместе с С.М. Буденным по указанию Ставки ВГК на Керченский полуостров в связи с подготовкой там наших войск к наступлению. «Фашистская авиация висела над проливом и городом. В штабе фронта царила неразбериха. Мехлис вмешивался во все оперативные дела… Побывал в Керченской базе и бригаде морской пехоты, вылетел в Новороссийск, а оттуда в Пота, где стояла эскадра флота». Здесь наркома ВМФ застало известие о наступлении врага на Керченском полуострове. Наши войска оказались в критическом положении. Когда положение в Керчи стало катастрофическим, Мехлис попытался свалить ответственность на командира Керченской базы Фролова, потребовал у Н.Г. Кузнецова отдать его под суд, в противном случае грозился расстрелять его своим приказом. «Этого вы не посмеете сделать!» — заявил Кузнецов Мехлису, защитил и отстоял Фролова (см.: Кузнецов Н.Г. На флотах боевая тревога. С 170).
до 10 апреля — не раз поднимает в Ставке ВГК вопрос о необходимости лучшей организации управления Черноморским флотом.
10 апреля — доказывает И.В. Сталину необходимость смены командования в Севастополе.
апрель — май — видя, что защитникам Севастополя не хватает оружия, послал в Ставку ВГК телеграмму: «В базах ЧФ имеется до 5000 прекрасных бойцов, могущих быть использованными для обороны Севастополя, но не имеющих оружия. Убедительно прошу в срочном порядке выделить 5000 винтовок».
23 апреля — принял решение и приказал военному совету Беломорской военной флотилии строить военно-морскую базу в Йоканке.