21 июня (в 23.00) — вызван к наркому обороны и проинформирован о возможном нападении в эту ночь фашистов. Приказал телеграммой флотам немедленно перейти на оперативную готовность № 1 и еще ранее — устно по телефону — перейти на готовность № 1, не дожидаясь телеграммы. Кроме приказа по телефону и телеграммой, отправил более пространную вторую телеграмму для военных советов флотов следующего содержания: «В течение 22—23 июня возможно внезапное нападение немцев. Нападение немцев может начаться с провокационных действий. Наша задача не поддаваться ни на какие провокационные действия, могущие вызвать крупные осложнения. Одновременно флотам и флотилиям быть в полной боевой готовности встретить возможный внезапный удар немцев или их союзников. Приказываю перейти на оперативную готовность № 1. Тщательно маскировать повышение боевой готовности. Ведение разведки в чужих территориальных водах категорически запрещаю. Никаких других мероприятий без особого распоряжения не проводить. Кузнецов». Таким образом, высшая боевая готовность № 1 была объявлена на флоте в 00 час. 00 мин. 22 июня.
22 июня (в 03.07) — вражеские самолеты совершили налеты на главную базу в Севастополе и на Измаил с целою заблокировать ЧФ. Сбросили на входной фарватер базы и в Северной бухте электромагнитные мины. Их встретил огонь зенитной артиллерии. В полной боевой готовности встретили шквальный огонь с румынской стороны корабли Дунайской флотилии. Воздушным атакам подверглись также Лиепайская и Рижская ВМБ КБФ. Магнитные мины были сброшены с самолетов в районе Кронштадта. Были сброшены бомбы в районе главной базы СФ — Полярное. Однако нападение фашистской Германии не застало ВМФ врасплох. Флот не потерял ни одного корабля. Флоты и флотилии начали действовать согласно предвоенным планам обороны.
22 июня (в 03.15) — нарком ВМФ получил первое телефонное сообщение от командующего ЧФ Октябрьского Ф.С. о том, что на Севастополь совершен налет.
После звонка из Севастополя — пытался по телефону доложить обстановку И.В. Сталину, которого не нашел. Разговаривал с Маленковым Г.М. Последний перепроверил сведения Кузнецова, звонил в Севастополь.
22 июня (до 05.17) — под свою ответственность нарком ВМФ приказал передать флотам официальное извещение, что Германия начала нападение на наши базы и порты, которое следует отражать силой оружия.
22 июня в первые часы начала войны — приказал через ГМШ всем флотам: «Немедленно начать постановку минных заграждений по плану прикрытия». Первоначально намечалось ставить мины у германских военно-морских баз: Мемеля, Гдыни, Данцига. По распоряжению наркома план был изменен. Минные постановки авиация производила у финских баз и портов и на коммуникациях в шхерном районе, по которым из Германии следовали транспорты с войсками и боеприпасами. В течение июня — июля авиация КБФ поставила несколько заграждений из 105 неконтактных мин на фарватерах в районе Аландских шхер и на подходах к Турку. Сторожевые корабли, тральщики и торпедные катера выставили еще 128 контактных мин на выходах из шхер у островов Утэ и Эре. В середине сентября в этом районе подорвался и затонул финский броненосец береговой обороны «Ильмарине». Всего на центральной минно-артиллерийской позиции было поставлено 3059 контактных мин образца 1908 и 1926 годов и 498 минных заграждений. На Ирбенской позиции и в Рижском заливе было поставлено 1178 контактных мин и 40 минных заграждений.
— состоялся разговор с флотами и управлениями наркомата; «Больше оперативности, следить за каждым шагом противника, действовать решительно, не дожидаясь указаний сверху», — потребовал нарком.
— приказал ГМШ не терять управления флотами, контролировать положение на них, быть в курсе всех распоряжений Наркомата обороны.
— приказал заместителю начальника ГМШ В.А. Алафузову чаще информировать Генеральный штаб о событиях на флотах.
с 23 июня и по 10 июля — входит в Ставку Главного Командования.
23 июня — вызван к И.В. Сталину, в присутствии членов Политбюро и наркома обороны доложил о положении на флотах.
24 июня — обсудил с начальником ГМШ И.С. Исаковым развитие событий на флотах с анализом положения.
— по приказу № 1371 наркома ВМФ начальник ГМШ адмирал И.С. Исаков направлен в Ленинград в качестве заместителя Главкома по морской части. В годы войны нарком направлял на флоты начальника ГПУ ВМФ И.В. Рогова, адмиралов: Л.М. Галлера, Г.И. Левченко, В.А. Алафузова и др.
25 июня — приказал военному совету Северного флота начать военные действия против Финляндии.
26 июня — поставил задачу Черноморскому флоту обеспечить морские перевозки, и в первую очередь — топлива.
27 июня — принял решение о создании трех позиций обороны в восточной части Финского залива на линии о. Гогланд — губа Кунда для прикрытия Ленинграда, связанных единством замысла и явившихся серьезным препятствием для противника в попытках прорваться в восточную часть залива к Ленинграду.