29 июня — приказал Сааремаа и Хийумаа оборонять при любых условиях обстановки на сухопутном фронте, держаться за каждую пядь земли даже в условиях возможного окружения.
30 июня — приказал Черноморскому флоту уничтожить объекты нефтепромышленности в Плоешти.
июнь — сформирована Ладожская военная флотилия.
июнь — начало июля — приказал (по запросу Генштаба) выделить орудия калибра от 100 до 152 мм и отправить их под Вязьму.
3 июля — приказал в связи с нарушением связи между флотом и фронтом выставить на основных дорогах заслон морской пехоты, активно использовать авиацию для разведки, не ослабевая содействия войскам 8-й армии. Оборонять до конца Ханко, Эзель, Даго, район Таллина, отвести на восток и эвакуировать корабли и имущество, нужное для обороны.
5 июля приказал в целях успешного использования сил и средств Балтийского флота для защиты Ленинграда создать командование морской обороной Ленинграда и озерного района (МОЛ). Тяжелая сложилась бы в те дни обстановка в тылу Ленинграда с востока, в районе Невской Дубровки, если бы здесь не была вовремя создана флотом мощная Невская артиллерийская позиция Северного берега, не было бы кораблей, поддержавших нашу героическую пехоту. Невская группа армейских войск начала создаваться лишь в сентябре. Создание Невского укрепленного района из сил армии и флота сыграло колоссальную роль в обороне города.
12 июля — приказал поставить на ТОФ оборонительные минные заграждения для прикрытия от нападения с моря в направлении Владивосток, Владимир-Ольга, Советская гавань и Петропавловск-Камчатский.
13 июля — совместно со Сталиным И.В. и Шапошниковым Б.М. подписал с советской стороны соглашение, заключенное 12 июля 1941 г. между правительствами СССР и Великобритании о совместных действиях в войне против Германии, что явилось первой крупной акцией на долгом и трудном пути создания коалиции.
22 июля — обратился с письмом к начальнику Генштаба А.М. Василевскому с предложением ряда мер по организации защиты перевозок по Каспийскому морю и Волге, усилению противовоздушной обороны этого района, увеличению числа плавучих батарей.
июль — воссоздана Азовская военная флотилия.
— сформирована Ильменская военная флотилия.
— сформирована Чудская военная флотилия.
конец июля — приказал на базе расформированной восточной позиции создать минную оборону Балтийского моря, возложить на нее задачу по постановке мин заграждения. Минными и сетевыми заграждениями, эскадренными миноносцами, действовавшими из Кронштадта днем и ночью, производилась эта постановка. Всего на восточной и тыловой позициях было поставлено 5657 контактных мин и 1480 минных защитников. Эффективность минных заграждений признана главкомом немецко-фашистского флота гросс-адмиралом Редером, отмечавшим, что «много судов нарвалось на мины на южном краю заграждений в Балтийском море (речь идет о Финском заливе), что повлекло за собой большие потери в людях и технике».
2 августа — приказал переформировать Беломорскую военно-морскую базу в Беломорскую военную флотилию.
7 августа — сформирована Онежская военная флотилия.
с 8 августа по 5 сентября — по предложению наркома, принятому Ставкой, и планом операции, разработанным наркомом и ГМШ, были нанесены бомбовые удары по Берлину советскими самолетами морской авиации. Личная ответственность за проведение операции была возложена Ставкой ВГК на Н.Г. Кузнецова. Общее руководство осуществлял командующий ВЕС ВМФ генерал-лейтенант С.Ф. Жаворонков.
август — установлен морской путь между Великобританией и северными портами СССР.
август — по личному указанию И.В. Сталина подготовлена директива об уничтожении Балтийского флота в случае захвата фашистами Ленинграда. Директива подписана Сталиным, Шапошниковым, Кузнецовым. «Ничего не должно достаться фашистам».
Являясь всю войну представителем Ставки ВГК по использованию сил флота и членом ГКО, Главкомом ВМФ с 1944 г. и членом Ставки ВГК с 1945 г., Н.Г. Кузнецов лично докладывал в Ставку о положении на фронтах, где действовали силы флота, когда командование направлений, медлило. Например, в критической ситуации в Таллине.
26 августа — просил разрешения на эвакуацию этой главной базы Балтийского флота. Докладывать и просить принять соответствующие меры должно было главнокомандование северо-западного направления, но оно медлило, а ждать дальше было нельзя. Ставка отдала приказ об эвакуации защитников Таллина и прорыве флота в Кронштадт для усиления обороны Ленинграда. В результате удалось сохранить боевое ядро БФ, сыгравшего важную роль в обороне Ленинграда.