Допрос арестованного генерала Полякова начал вести один из опытнейших следователей, профессионал высшей категории, имевший в своем послужном списке уже множество раскрытых преступлений и награжденный двумя орденами Красной Звезды, заместитель начальника Второго отдела Следственного управления КГБ СССР полковник Анатолий Гаврилович Жучков. В первый же день допросов Поляков стал придерживаться заранее избранной им тактики поведения: он признался в предъявленном обвинении в самом общем виде. Следствию нужно было его признание, и оно получило его. «А дальше, — решил генерал, — пусть следователь подкрепляет предъявленное обвинение имеющимися в его распоряжении фактами и доказательствами. И тогда настанет “момент истины” и выяснится, чем же в действительности располагает следствие». Поэтому Поляков и заявил о своей готовности к сотрудничеству в рамках обвинения по статье 218 УК РСФСР. Поляков посчитал, что это позволит ему еще раз обдумать ситуацию, выработать тактику поведения и обстоятельно сформулировать свои показания.
На четвертый день допросов полковник юстиции Жучков, за которым сохранялось расследование других дел, находящихся в производстве Второго отдела, — о контрабанде и об иных госпреступлениях, с согласия начальника подразделения Виктора Михайловича Кузьмичёва [94] поставил вопрос перед руководством Следственного управления КГБ — заместителем начальника управления генерал-майором Александром Васильевичем Загвоздиным [95] об освобождении его от дальнейшего расследования дела Полякова.
Учитывая эти обстоятельства, а также общую профессиональную и специальную подготовку подполковника Александра Сергеевича Духанина[96], Кузьмичёв и Жучков уверили генерала Загвоздина в том, что в сложившейся ситуации только Духанину под силу будет переиграть Полякова и разоблачить его. В качестве примера был приведен целый ряд успешно расследованных им сложных дел высшей категории, требовавших глубокого знания и виртуозного владения приемами судебной психологии. В частности, Духанин блестяще зарекомендовал себя по делу сотрудника Управления «К» ПГУ КГБ СССР подполковника Полещука [97], хотя это стоило Александру Сергеевичу большого напряжения внутренних сил и психической устойчивости. Разоблачение же такого матерого шпиона, как Поляков, установление мотивов его предательства и определение объема выданных им сведений требовало много времени и выдвигало на первый план нерешенную за истекшие шесть лет разработки Дипломата задачу по получению изобличающих его доказательств. Их отсутствие не только не способствовало формированию внутреннего убеждения у следователя, но и грозило свести на нет все предпринимаемые усилия по разоблачению шпиона. Опереться следователю в этой ситуации было не на что, и поэтому вся работа начиналась с чистого листа, на свой страх и риск. Контрразведка же в лице Третьего главного управления КГБ добилась лишь одного — возбуждения на основе ДОР уголовного дела. Проблемы, трудности и ответственность были переложены на плечи следствия.
К сожалению, в то время в Следственном управлении не занятых расследованием уголовных дел сотрудников требуемой квалификации не оказалось. Это объяснялось еще и тем, что время неумолимо шло вперед — ветераны уходили на пенсию, а им на смену пришла неопытная молодежь. Не хватало людей и для подготовки новых высокопрофессиональных кадров. Да еще, как на грех, именно в тот период контрразведка органов госбезопасности выявила много агентов иностранных спецслужб из числа советских граждан. Поэтому и не хватало следователей. Для более быстрого получения доказательств шпионской деятельности по расследуемым делам, конечно, не помешали бы аналитические материалы о разведках ведущих капиталистических стран, об использовании ими форм и методов вербовки и поддержания связи, а также о допущенных типичных ошибках при выявлении и разработке вражеской агентуры. Но их в то время не было. Отсутствие же в структуре КГБ единого аналитического центра о деятельности иностранных разведок отрицательно сказывалось и на сроках и на результатах следственной работы в целом.
Ранее полученные материалы оперативных и следственных подразделений по делам об измене Родине в форме шпионажа в отношении майора ГРУ Филатова, оперуполномоченного КГБ Армянской ССР прапорщика Григоряна, третьего секретаря посольства СССР в Колумбии Огородника, сотрудника Управления «Т» ПГУ КГБ СССР подполковника Ветрова, офицера ГРУ старшего лейтенанта Иванова и научного сотрудника НИИ Госкомитета по гидрометеорологии Павлова лежали мертвым грузом в архивах разных оперативных подразделений, которые, как «собака на сене», держали их под спудом. Не находили применения эти материалы и в учебном процессе Высшей школы КГБ СССР имени Дзержинского, где в течении многих десятилетий подготовка будущих контрразведчиков и следователей осуществлялась только на уголовном деле Пеньковского.