В начале 1924 года со своих должностей были удалены видные троцкисты: начальник Политуправления Реввоенсовета (ПУР) Антонов-Овсеенко и заместитель Предреввоенсовета Склянский. На место Эфраима Склянского был назначен Фрунзе, который продолжил смещать сторонников Троцкого. В конце января 1925 года Троцкий потерял должности военного наркома и председателя Реввоенсовета. Эти две должности занял М.В. Фрунзе.
Перечислим должности, которые занимал Михаил Фрунзе с февраля 1924 года – уполномоченный РВС СССР при СНК Украинской ССР, с марта – заместитель председателя РВС СССР и наркома по военным и морским делам СССР, одновременно с апреля – начальник Штаба Рабоче-Крестьянской Красной Армии (РККА), начальник Военной академии РККА, уполномоченный наркома по военным и морским делам при СНК РСФСР. В январе 1925 года назначается председателем РВС СССР и наркомом по военным и морским делам СССР, одновременно с февраля – член Совета Труда и Обороны СССР.
По инициативе Фрунзе в 1924 году была проведена реорганизация РККА. Самое главное, что он добился упразднения института политических комиссаров в армии. Они были заменены помощниками командиров по политчасти без права вмешиваться в командные решения. В 1925 году новый нарком произвел ряд перемещений внутри командного состава, в результате чего во главе военных округов оказались руководители, подобранные по принципу профессиональных качеств без учета партийной лояльности. Эта позиция чрезвычайно раздражала Иосифа Сталина. «Какие это коммунисты? Все эти Тухачевские, Корки, Уборевичи, Авксентьевские? Все это хорошо для 18 брюмера (бонапартистского переворота), а не для Красной армии». Цитата приводится со слов Льва Мехлиса – заведующего бюро секретариата ЦК, закончившего шесть классов еврейского коммерческого училища в Одессе.
На протяжении своей недолгой деятельности М.В. Фрунзе на посту наркома продолжал заменять сторонников Троцкого в военном руководстве РККА, но тем не менее он не являлся членом сталинской группировки. Он оставался независимым и обладал определенным авторитетом в войсках, что, конечно, не могло устраивать партийную верхушку. Сомнительно, чтобы у Фрунзе были какие-либо бонапартистские намерения. Однако для окружающих он оставался загадочной и необычной фигурой в партийных верхах.
Фрунзе оформил новую советскую военно-морскую доктрину, согласно которой Красная Армия строилась по принципам прежнего устройства царских войск, и перестала быть большевицкой милицией. К числу этих новшеств относились развитие десантных и танковых войск, технические изобретения в области артиллерии, автоматического оружия и т. д. Фрунзе стоял во главе Красной Армии лишь 18 месяцев. За это короткое время Красная армия вышла из постоянных перетрясок, которые сопровождали ее с момента рождения.
К заслугам Фрунзе надо отнести то, что он внес весомый вклад в теорию и практику военного искусства. Под его руководством велись дискуссии по вопросам военного строительства, проблемам будущей войны и были заложены основы военно-научной работы в Вооруженных Силах. Именно Фрунзе принадлежит большая заслуга в разработке советской военной доктрины. Путем анализа опыта Первой мировой и Гражданской войн он сделал ряд обобщений по вопросам военной теории в стратегическом, оперативном и тактическом масштабах. Основным видом военных действий считал наступление в сочетании с высокой маневренностью. Он придавал большое значение выбору направления главного удара и созданию мощных ударных группировок, но не умалял и роли обороны. В своей деятельности он уделял большое внимание подготовке тыла страны как основы оборонной мощи Советского государства, техническому оснащению армии и флота. Эти вопросы были рассмотрены им в фундаментальных трудах: «Единая военная доктрина и Красная Армия» (1921), «Регулярная армия и милиция» (1922), «Военно-политическое воспитание Красной Армии» (1922, опубликовано в 1929), «Фронт и тыл в войне будущего» (1924, опубликовано в 1925), «Наше военное строительство и задачи Военно-научного общества» (1925). Добавим к этому, что Фрунзе лояльно относился к партийной оппозиции, чего Сталин не мог терпеть. «Конечно, оттенки должны быть и будут. У нас ведь 700 000 членов партии, руководящих колоссальнейшей страной, и нельзя требовать, чтобы эти 700 000 человек по каждому вопросу мыслили одинаково», – писал по этому поводу наркомвоенмор.