Войска 3-й армии, действовавшие на направлении контрудара, по приказу генерал-лейтенанта Кузнецова, отданного вечером 22 июня, готовились к отходу на рубеж рек Котра и Свислочь. Прикрытие отхода командующий армией возложил на 29-ю танковую дивизию, а 85-й стрелковой дивизии приказал начать отход с р. Лососьна с наступлением темноты. Генерал-майор А.В. Бондовский, командовавший тогда этой дивизией, вспоминал: «Чтобы замедлить продвижение противника, командарм приказал организовать и осуществить взрыв железнодорожного и городского мостов через р. Неман, уничтожение складов горючего на юго-западной окраине города, боеприпасов на южной окраине и взрыввеществ на северной окраине Гродно. Ставилась задача – воспользоваться шумом взрывов, чтобы прикрыть отход дивизии. Определение времени начала взрывов и начала отхода возлагалось на меня. Командарм сообщил, что подготовка мостов к взрыву уже началась и поручено саперам другой части. Командарм знал, что дивизия саперного батальона не имеет. Прибыв от командарма в начале 21 часа, собрал руководящих командиров штаба дивизии для ознакомления с полученными задачами, выяснения способов выполнения задач и выработки решений»[89].
Взрывы, по воспоминаниям Бондовского, были осуществлены в половине первого ночи 23 июня.
Генерал-лейтенант В.И. Кузнецов, не имея связи ни со штабом Западного фронта, ни с генерал-лейтенантом И.В. Болдиным и корпусами, принял решение в ночь на 23 июня перевести штаб 3-й армии в район деревни Барково. Частям 85-й и 56-й стрелковых дивизий предписывалось перейти в наступление на Гродно и занять оборону севернее города. В соответствии с этим приказом части 85-й стрелковой дивизии без авиационной и артиллерийской поддержки утром 23 июня перешли в наступление. В ходе ожесточенных боев подразделения дивизии ворвались в Гродно, но противник, обладая превосходством в силах и средствах, вынудил их снова отойти к р. Свислочь. Не имело успеха и наступление 56-й стрелковой дивизии.
Член военного совета 3-й армии армейский комиссар 2-го ранга Н.И. Бирюков в своей книге «Танки – фронту! Записки советского генерала» отмечал: «После первых неудачных боев и нашего неудачного контрудара, за которыми последовали тяжелые потери и сильнейший удар превосходящих сил противника, наши войска потеряли управление и вынуждены были отходить на восток самостоятельно. О контрударе 3-й армии надо говорить отдельно. Он организовывался наспех. Узнали мы о своей задаче под вечер, т. е. накануне наступления, о какой подготовке можно говорить, если до его начала было всего несколько часов. Этот контрудар осуществлялся под руководством маршала Кулика, от имени которого мы и получили этот приказ. Конечно, он был обречен на неудачу. В результате тяжелых боев части 3-й армии стали отходить на восток. С этого времени связи со штабами дивизий у нас не было. Штаб армии стал менять свои КП, пытаясь установить связь с дивизиями, но результаты были неутешительными. Мы приближались к обводу минского укрепрайона, полагая, что нам удастся встретить УРовские войска. Но оказалось, что мы встретили там противника. Обстановка была неясной. Люди, посылаемые нами в разведку, пропадали. Сплошного фронта не было».
Командующий группой армий «Центр» генерал-фельдмаршал фон Бок, стремясь разгромить контрударную группировку Западного фронта, направил против нее основные силы 2-го воздушного флота. В район Гродно были подтянуты противотанковая и зенитная артиллерия, а также 129-я пехотная дивизия. Несмотря на это, конно-механизированная группа генерал-лейтенанта Болдина сумела на двое суток приковать к району Гродно значительные силы врага, нанеся ему существенный урон. Контрудар облегчил, хотя и ненадолго, положение 3-й армии. Однако вырвать инициативу у противника так и не удалось.
Разрыв с войсками Северо-Западного фронта на правом крыле, куда устремилась 3-я танковая группа генерал-полковника Гота, и тяжелая обстановка на левом крыле Западного фронта, где отходила 4-я армия, создали угрозу глубокого охвата всей белостокской группировки как с севера, так и с юга. 3-ю танковую группу, устремившуюся в этот разрыв, генерал-фельдмаршал фон Бок вывел из подчинения командующего 9-й армией. Получив свободу действий, генерал-полковник Гот направил один свой корпус на Вильнюс, а два других на Минск и в обход города с севера с целью соединения со 2-й танковой группой. Главные силы 9-й армии были повернуты на юг, а 4-й – на север, в направлении слияния рек Щара и Неман, для рассечения окружаемой группировки. Над войсками Западного фронта нависла угроза полной катастрофы.