При организации контрудара возникло немало сложностей. Так, соединения 9-й армии утром 7 июля начали отходить за Днестр, а чтобы вернуть их, потребовались целые сутки. И только с утра 8 июля три корпуса (48-й стрелковый, 2-й механизированный, 2-й кавалерийский) 9-й армии нанесли контрудар в стык румынской 4-й и немецкой 11-й армий. Вплоть до 10 июля продолжались упорные атаки войск Южного фронта. В результате наступление противника, действовавшего на Кишиневском направлении, было задержано.
Командующий 11-й армией генерал-полковник Э. фон Шоберт, ссылаясь на отсутствие горючего и необходимость восполнения потерь, просил у командующего группой армий «Юг» генерал-фельдмаршала Г. фон Рундштедта передышки в наступлении. Тот согласился, но приказал повернуть 54-й армейский корпус для оказания помощи румынам в овладении Кишиневом. 10 июля генерал-полковник Ф. Гальдер докладывал начальнику штаба Верховного командования вермахта генерал-фельдмаршалу В. Кейтелю, что шансы 11-й армии на успех настолько незначительны, что при планировании дальнейших операций ее нельзя рассматривать как надежную силу[211].
Положение на Южном фронте временно удалось стабилизировать. Задержка противника позволила 18-й армии отойти и занять Могилев-Подольский укрепленный район, а 9-я армия сумела закрепиться в 40–50 км западнее Днестра. Оставшиеся в нижнем течении рек Прута и Дуная ее левофланговые соединения 6 июля были объединены в Приморскую группу войск под командованием генерал-лейтенанта Н.Е. Чибисова. Совместно с Дунайской военной флотилией они отразили все попытки румынских войск перейти границу Советского Союза.
21 июля 16-я и 11-я танковые дивизии и моторизованная дивизия СС «Адольф Гитлер» 1-й танковой группы прорвались на территорию Черкасской области. Они вышли к Умани с севера и создали угрозу захвата станции Христиновка, где находились до 1 тыс. раненых, ожидавших эвакуации, склады боеприпасов и горючего. Создалась угроза правому флангу и тылам 18-й армии. Для ее ликвидации командующий Южным фронтом из района Христиновки нанес 22 июля контрудар по уманской группировке врага силами 2-го механизированного корпуса 9-й армии, переброшенного сюда из Котовска. В результате противник с большими потерями был отброшен в северном направлении на 40 км. Боевые действия 2-го механизированного корпуса в районе Христиновки продолжались до конца июля, что облегчило положение войск правого фланга 18-й армии, хотя и не смогло изменить общей обстановки.
К исходу 9 августа противник, имея превосходство в силах, оттеснил войска 9-й армии на рубеж Врадиевка, Ширяево (60 км юго-восточнее Котовска), примыкавший к левому флангу 18-й армии. К 12 августа, согласно приказу командующего Южным фронтом, соединения 9-й армии отошли на левый берег Южного Буга, где заняли оборону на участке Новая Одесса, Николаев.
Командующий Южным фронтом приказал 9-й армии во взаимодействии с соединениями 18-й армии разгромить прорвавшегося в район Николаева врага, а затем, действуя в направлении Снигиревки, выйти на левый берег Ингульца. После этого войска 9-й армии получили приказ отойти на левый берег Днепра.
Генерал-лейтенант Д.И. Рябышев, вступивший 26 августа в должность командующего Южным фронтом, оценив обстановку, пришел к выводу, что наиболее угрожающее положение сложилось на участке обороны 6-й армии в районе Днепропетровска. Здесь на плацдарме возле города противник сосредоточил крупные силы с целью развить успех. Рябышев принял решение усилить этот участок огневыми средствами, в частности тяжелой артиллерией. Не менее сложная обстановка складывалась и на левом крыле фронта, на участке обороны 9-й армии. Командующий фронтом приказал генерал-полковнику Черевиченко перегруппировать войска, создать необходимые резервы за счет ослабления других участков и ликвидировать плацдарм у Берислава.
Однако ликвидировать плацдармы не удалось, так как противник силами трех дивизий 31 августа форсировал Днепр юго-восточнее Кременчуга, создал на восточном берегу плацдарм и продолжал там накапливать силы. Это вынудило главнокомандующего войсками Юго-Западного направления Маршала Советского Союза С.М. Буденного вывести из состава Южного фронта 2-й кавалерийский корпус, одну стрелковую дивизию и часть артиллерийских полков, которые предназначались для разгрома вражеских сил на днепропетровском плацдарме. Кроме того, командующий 9-й армией, как пишет Д.И. Рябышев в своих мемуарах «Первый год войны», проявил медлительность в выполнении приказа по разгрому вражеских частей у Берислава, что позволило им расширить плацдарм, быстро накопить там силы, а затем перейти к широким активным действиям.