В 1582 году Хидэеси стал первым правителем, который начал использовать лес со всей территории Японии, потому что потребности в древесине для расточительного монументального строительства превышали запасы леса в его собственных угодьях. Он установил контроль над частью самых ценных лесов страны и потребовал от каждого феодала ежегодно доставлять ему определенное количество леса. В дополнение к тем лесам, которые принадлежали сегунам и феодалам целиком, они также заявляли свои права на все ценные породы деревьев в лесах, принадлежавших сельским общинам и частным лицам. Для транспортировки древесины из все более отдаленных районов лесозаготовок к городам или замкам, где она использовалась, власти расчистили реки для беспрепятственного сплава бревен и плотов вниз к побережью, где их загружали на суда и доставляли в портовые города. Заготовка леса распространилась по трем главным японским островам, от южной оконечности самого южного острова Кюсю через Сикоку и до северных границ Хонсю. В 1678 году лесорубы появились на южной оконечности Хоккайдо — острова севернее Хонсю, который в ту пору еще не являлся частью японского государства. К 1710 году большая часть доступных лесов на трех главных островах (Кюсю, Сикоку и Хонсю) и на южном Хоккайдо была вырублена; нетронутыми остались только леса на крутых склонах, в недоступных местах и в местностях, где заготавливать лес при существовавшей в эпоху Токугава технологии было либо очень сложно, либо дорого.
Обезлесение нанесло Японии времен Токугава не только очевидный ущерб в виде дефицита строительного леса, топлива и корма для скота, в результате чего было свернуто монументальное строительство. Споры из-за леса и дров становились все более частыми между деревнями и внутри них, между деревнями и феодалами или сегуном — все в Японии конкурировали за использование леса. Были также конфликты между теми, кто хотел использовать реки для лесосплава, и теми, кто, напротив, хотел использовать их для рыбной ловли и орошения пахотных земель. Как мы уже видели на примере Монтаны в главе 1, в результате вырубок увеличивается число лесных пожаров, потому что выросшие на вырубках вторичные леса обладают более высокой возгораемостью по сравнению со старовозрастными. Стоило удалить с крутых склонов защищавший их лесной покров, как интенсивность почвенной эрозии возросла — вследствие обычных для Японии проливных дождей, таяния снегов и частых землетрясений. Наводнения в долинах из-за увеличившегося стока воды с оголенных склонов, заболачивание низин из-за почвенной эрозии и заиливания рек, ущерб от сильных ветров и нехватка добываемых в лесу удобрений и кормов в совокупности привели к снижению урожайности продовольственных культур как раз во время роста численности населения, что неоднократно с конца XVII века вызывало сильную нехватку продовольствия и голод в Японии эпохи Токугава.
Пожар Мэйреки в 1657 году и возникший вследствие этого спрос на лес для восстановления японской столицы послужил сигналом тревоги, указав на растущую нехватку в стране лесных и прочих ресурсов именно в тот момент, когда население — особенно городское — росло бурными темпами. Это могло привести к катастрофе, подобной той, что произошла на острове Пасхи. Однако по прошествии следующих двух столетий Япония постепенно достигла стабильной численности населения и гораздо более устойчивого уровня потребления ресурсов. Изменения были инициированы верховной властью — сменявшими один другого сегунами, которые способствовали осуществлению конфуцианских принципов, провозглашенных в качестве официальной идеологии, поощрявшей умеренность в потреблении и накопление резервных ресурсов для защиты страны при наступлении бедствий.