Отрицательные меры относились к трем этапам в цепочке снабжения лесоматериалами: управлении лесными ресурсами, транспортировке леса и потреблению древесины в городах. На первой стадии сегун, который лично контролировал около четверти всех японских лесов, назначил высший совет в министерстве финансов, который нес ответственность за его лесные угодья, и почти все 250 феодалов последовали примеру, назначив собственные лесные комитеты для управления лесами. Эти советы запрещали лесные вырубки для восстановления лесной растительности, выдавали лицензии, устанавливавшие квоты на рубку леса или на выпас скота на территории государственных лесов, и запрещали сжигание лесов для расчистки земли под временные пашни. В тех лесах, которые принадлежали не сегуну или феодалам, а деревенским общинам, староста деревни распоряжался лесом как общественной собственностью, для нужд всех жителей, устанавливал правила сбора лесных плодов, следил за тем, чтобы «чужие» крестьяне из других деревень не пользовались лесом, и нанимал вооруженную охрану для обеспечения соблюдения этих правил.
И сегун, и феодалы заказывали очень подробные описи лесных угодий. В качестве примера управленческой скрупулезности приведем опись лесного массива возле Каруидзавы в 80 милях к северо-западу от Эдо, сделанную в 1773 году, которая гласит, что лес имеет площадь в 2 тысячи 986 квадратных миль и содержит 4 тысячи 114 деревьев, из которых 573 кривые или сучковатые, а 3 тысячи 541 —хорошие. Из этих 4 тысяч деревьев 78 — большие хвойные деревья (66 хороших) со стволами в 24–36 футов высотой и 6–7 футов в обхвате; 293 ели средних размеров (253 хороших), 4–5 футов в обхвате; 255 хороших невысоких елей от 6 до 18 футов высотой и от 1 до 3 футов в обхвате, предназначенных для вырубки в 1778 году; и 1 тысяча 474 небольших елочек (1344 хороших) для вырубки в более поздние годы. Имелись в наличии также 120 хвойных деревьев средних размеров (104 хороших), высотой 15–18 футов и 3–4 фута в обхвате, 15 небольших хвойных деревьев высотой 12–24 фута и от 8 дюймов до 1 фута в обхвате со сроком вырубки в 1778 году, и 320 маленьких хвойных деревьев (241 хорошее) для вырубки в последующие годы, не говоря уже о 448 дубах (412 хороших) высотой 12–24 фута и 3–5,5 футов в обхвате, и 1 тысяче 126 других деревьев, характеристики которых подобным же образом перечислены. Такие подсчеты олицетворяют крайние проявления управления «сверху вниз», которое не оставляло места решениям отдельных крестьян.
На втором этапе осуществления отрицательных (запрещающих) мер сегун и феодалы учредили сторожевые посты на дорогах и реках, которые следили за транспортировкой леса и за тем, чтобы все касающиеся лесного хозяйства законы неукоснительно выполнялись. Третий этап включал множество правительственных предписаний, детально устанавливающих, кто и для каких целей может использовать срубленное и прошедшее проверку на лесном посту дерево. Высоко ценимые кедры и дубы предназначались только для государственных нужд и были недоступны для простых людей. Количество дерева, которое человек мог использовать на строительство своего дома, зависело от его социального статуса: 30 кен (один кен — бревно длиной 6 футов, чуть менее 2 метров) для старшины нескольких деревень, 18 кен для наследника такого старшины, 12 кен для старшины одной деревни, 8 кен для местного вождя, 6 кен для крестьянина, который платит налоги, и всего 4 кена для простого крестьянина или рыбака. Сегун также издавал указы относительно допустимости использования тех или иных пород деревьев для изготовления различных предметов. Например, в 1663 году сегун издал указ о запрете всем плотникам и столярам в Эдо изготавливать небольшие ящики из кипариса или дерева суги (криптомерия японская, Cryptomeria japonica или японский кедр) и домашнюю утварь из криптомерии, но большие ящики разрешалось делать и из кипариса, и из криптомерии. В 1668 году сегун запретил использование кипариса, криптомерии и других ценных деревьев для вывесок и указателей в общественных местах, а еще 38 лет спустя из списка разрешенных для изготовления новогодних украшений деревьев были вычеркнуты крупные сосны.