В 1597 году Тоетоми Хидэеси распял первую японскую группу 26 христиан-мучеников. Когда после этого дайме-христиане пытались подкупать или убивать посланников правителя, сегун Токугава Иэясу сделал вывод, что европейцы и христианство представляют собой угрозу стабильности сегуната и Японии. (Если, обратясь к известным историческим фактам, вспомнить, какое вооруженное вторжение европейцев последовало за появлением, казалось бы, безвредных купцов и миссионеров в Китае, Индии и многих других странах, опасения Иэясу были вполне обоснованны.) В 1614 году Иэясу запретил христианство и положил начало пыткам и казням миссионеров и тех из новообращенных, кто отказывался отречься от европейской религии. В 1635 году следующий сегун зашел еще дальше, запретив японцам уезжать за границу, а японским судам покидать пределы внутренних вод. Четырьмя годами позже он изгнал из Японии всех остававшихся в стране португальцев.
Вслед за этим Япония вступила в период, продлившийся более двух столетий, в течение которого она отгородила себя от остального мира — по причинам, которые даже в большей степени отражали ее намерения, связанные с Китаем и Кореей, чем с Европой. Единственными иностранными торговцами, которым разрешалось посещать Японию, были немногочисленные голландские купцы (они считались менее опасными, чем португальцы, потому что были противниками католицизма), которых удерживали в изоляции, словно переносчиков опасной инфекции, на острове в бухте Нагасаки; также имелся китайский анклав, подобный голландскому. Кроме них, торговля была разрешена только с корейцами на острове Цусима, лежащем между Кореей и Японией, с островами Рюкю (включая Окинаву) на юге и с туземным народом айну на острове Хоккайдо на севере (который тогда еще не был частью Японии, как сейчас). Не считая этих контактов, Япония не поддерживала никаких дипломатических отношений с иностранными государствами, даже с Китаем. Аналогично, Япония не стремилась к захвату иноземных территорий после двух неудачных попыток вторжения в Корею, предпринятых Хидэеси в 1590-х годах.
На протяжении этих столетий «блестящей изоляции» Япония была в состоянии удовлетворить большую часть своих потребностей собственными силами, в особенности в отношении продуктов питания, леса и большинства металлов. Ввоз в значительной степени ограничивался сахаром и специями; женьшенем, лекарствами и ртутью; 160 тоннами в год особо ценных пород древесины; китайским шелком; оленьими и другими видами шкур для изготовления кожи (так как в Японии было мало крупного рогатого скота); а также свинцом и селитрой для приготовления пороха. Однако со временем количество некоторых товаров стало уменьшаться по мере роста производства отечественного шелка и сахара и по мере постепенного выхода из строя, а впоследствии и полного исчезновения огнестрельного оружия. Такое поразительное состояние самодостаточности и добровольной изоляции продлилось вплоть до 1853 года, когда американский военный флот под командованием коммодора Перри появился у берегов Японии и потребовал открыть порты для захода американских торговых и китобойных судов с целью пополнения запасов топлива и продовольствия. Когда стало ясно, что сегунат Токугава больше не в состоянии защитить Японию от варваров, вооруженных пушками, власть сегуна рухнула — это случилось в 1868 году, и Япония начала быстро превращаться из изолированного полуфеодального общества в современное государство.