Некоторые мероприятия Годунова показывают его как человека глубокого ума и широких интересов. Он был открыт для контактов с Западной Европой, пожалуй, более, чем Иван Грозный. Только несчастная случайность разрушила брак датского принца Иоанна с царевной Ксенией Годуновой: принц прибыл в Россию, чтобы жениться, но заболел и умер (1602). Иоанн был не первым женихом царевны, ранее Борис Федорович пригласил в Россию Густава, сына шведского короля Эрика XIV от морганатического брака. Любитель алхимии и знаток языков, Густав оказался недостоин роли царского зятя: вызвал в Россию свою любовницу и ее детей и отказался принять православие. Жениху была дана отставка, однако царь Борис пожаловал ему Угличский удел. Будучи двоюродным братом короля Речи Посполитой Сигизмунда III, принц мог быть полезен для дипломатических махинаций. Впрочем, возможно, Густава изначально приманивали в Россию не для свадьбы, а для участия в каких-то хитрых комбинациях. В пользу этого говорит то, что принц получил приглашение на службу к царю еще в 1593 году.
Первым из российских монархов Годунов отправил русских молодых людей учиться за границу. Из-за начавшейся Смуты никто из них не вернулся. Четверо неплохо устроились в Англии, поступили на службу в королевскую администрацию. Один из них, Никита Алферьев, приняв протестантство, стал священником и умер в Лондоне в 1660 году. Русское правительство неоднократно требовало вернуть «невозвращенцев» на родину (того же Алферьева пытались даже похитить), но тщетно.
Восточное направление также занимает важное место в политике Годунова. Оживляются связи с Персией. Еще будучи правителем, Годунов стремился содействовать заключению союза между шахом Аббасом и римским папой и западными монархами, направленного против Турции. В 1599 году в Москву прибыло персидское посольство, участник которого Орудж-бек Баят (Дон Хуан Персидский) оставил описание русской столицы. А в 1603 году в Персию была послана русская миссия князя А. Ф. Жирового-Засекина. В Оружейной палате хранится богато украшенный трон, подаренный шахом царю Борису. Это невысокое (90 см) сиденье, оклеенное чеканными золотыми пластинами и богато инкрустированное рубинами, турмалинами, бирюзой и жемчугом.
Но отношения с Персией обострились из‐за вмешательства России в грузинские дела. В 1603 году кахетинский царь Александр II обратился к царю с просьбой о помощи и подданстве. В Грузию выехало посольство М. И. Татищева, который также должен был сыскать (и нашел) невесту для царевича Федора и жениха для царевны Ксении среди местных монархов. За год до этого «учинился» «под высокою рукой» царя Бориса Федоровича один из правителей Тарковского шамхальства Андий-шамхал. Активность России на Кавказе угрожала интересам Персии и Турции, обе державы вели жестокую борьбу за этот регион. Попытка России укрепиться в Дагестане вооруженной рукой привела к катастрофе: отряд воеводы И. М. Бутурлина (более 7 тысяч человек) был вырезан горцами при попытке отступления весной 1605 года. К изгнанию русских из Дагестана был причастен и турецкий султан. В это время умер Борис Годунов, пришел к власти Лжедмитрий, и русская дипломатия надолго забыла про Кавказ.
Другой сферой особого интереса Бориса Годунова было строительство и украшение храмов. До наших дней сохранились церкви Спаса Преображения (первоначально освящена во имя Троицы) в Вяземах, Троицы в Хорошево, Богоявления в селе Красном на Волге, Малый собор Донского монастыря, выстроенные по заказу и на средства бояр Годуновых, Дмитрия Ивановича и Бориса Федоровича.
Достигнув престола, Борис Федорович задумал масштабный архитектурный проект – возведение копии храма Гроба Господня в Московском Кремле. В русских источниках это сооружение именуется «Святая святых». Историк и искусствовед А. Л. Баталов указывает, что этот проект был тесно связан с венчанием на царство Бориса, который первым из русских государей получил венец из рук патриарха, тем самым уподобившись византийским императорам. «Идея построения вселенской святыни придает целостность создаваемой модели Российского государства как последнего и единственного православного царства», – пишет историк. Одновременно с этим на Красной площади было оформлено Лобное место, символ евангельской Голгофы. «Того же году зделано Лобное место каменное, резана, двери – решетки железные», – сообщает «Пискаревский летописец».
Для «Святая святых» были изготовлены Гроб Господень и золотая плащаница, отлиты (по сообщению современников, из золота) фигуры Иисуса Христа, архангела Гавриила и двенадцати апостолов. Эти работы начались в 1599 году, но строительство «Святая святых» не было завершено из‐за начавшейся войны и смерти царя. Богатое убранство, предназначенное для храма, было разграблено в Смутное время.
Зато сохранилась торжественная надпись 1600 года на третьем ярусе колокольни Ивана Великого, надстроенном при Годунове: