Группа художников, среди них Караваджо, вернувшийся из Милана Онорио Лонги и недавно объявившийся в Риме болонский живописец Гвидо Рени, собралась на мосту перед замком Сант-Анджело, откуда хорошо был виден сооружённый из досок эшафот с подвешенным на раме тяжёлым топором
Первой на помосте появилась в чёрном одеянии жена покойного барона, дородная Лукреция — вернее, её силком втащили двое подручных палача, поскольку она лишилась чувств. Толпа не успела ахнуть, как голова женщины покатилась на помост, оросив кровью доски. Все в нетерпении ждали появления на эшафоте юной Беатриче. В глазах простого люда она выглядела героиней, осуждённой на смерть погрязшей в роскоши и разврате аристократической верхушкой, взрастившей и воспитавшей её. Простоволосая и босая, одетая в голубую тунику, подпоясанную грубой верёвкой вместо пояса, она медленно взошла по ступеням на эшафот и огляделась, бросив сверху взгляд на примолкшую толпу. Всем своим видом девушка выражала спокойствие, и ни один мускул не дрогнул на её лице. В толпе ближе к помосту многие стали на колени и принялись читать вслух молитвы. Отстранив рукой палача, Беатриче подошла к плахе. В этот момент она была незабываемо прекрасна и величественна. Склонившись, она положила голову на плаху, и, прежде чем с грохотом опустился топор, все стоявшие поблизости услышали её проклятие папе. Голубая туника окрасилась кровью, и палач высоко поднял отрубленную голову, держа за длинные волосы и показывая толпе.
В это время, перекрывая гул толпы, раздались звуки фанфар и появился гонец. Спешившись, он вбежал на помост и огласил высочайший папский указ о замене пятнадцатилетнему подростку Бернардино Ченчи смертной казни каторжными работами на галерах. Но этой нежданной милости Бернардино не услышал, поскольку при виде казни сестры впал в истерику и потерял сознание. Как потом рассказывали знающие люди, в момент казни неподалёку от эшафота в пустой церкви Климент VIII с несколькими приближёнными вёл поминальную службу по казнённым грешникам. Он жалобно причитал и всхлипывал, утирая слёзы, а покинул церковь в закрытой карете лишь после того, как толпа окончательно рассеялась.
Рим долго не мог прийти в себя после расправы над Ченчи. Но не прошло и месяца после казни, как был объявлен аукцион выставленных на продажу конфискованных земель и поместий казнённых. Как и ожидалось, победу на торгах по бросовым ценам одержали родственники папы. Вскрылись некоторые детали странного поведения Марцио Колонна в этом щекотливом деле. Непонятно, кем и за что был убит подчинённый семейства Колонна, работавший в те дни в злополучном замке. Но вскоре кардинал-викарий получил новое назначение в Неаполь, и пересуды о нём сами собой прекратились — внимание въедливых римлян переключилось на состоявшийся аукцион. Уже на следующий день после торгов у подножия статуи Паскуино появилось несколько разоблачительных пасквилей, в которых многим досталось, а особенно папе Клименту:
Чтобы положить конец хулительным надписям и виршам, папа издал указ, сурово карающий наглых писак вплоть до смертной казни. До него такие же меры принимались папами Григорием XIII и Сикстом V, но ничего не помогало, а угрозы властей ещё пуще подзадоривали римских острословов, изощрявшихся в рифмоплётстве. Немало разговоров об этих жутких событиях велось и среди художников, которых потрясло кровавое зрелище. Гвидо Рени под впечатлением увиденного принялся писать портрет Беатриче Ченчи, стоящей на эшафоте, какой она запечатлелась в его памяти. В народе она обрела ореол мученицы, и её похоронили в римской церкви Сан-Пьетро ин Винколи, которую украшает гениальное изваяние Микеланджело «Моисей». В своих прогулках по Риму с молодыми спутницами туда как-то забрёл Стендаль, который увидел доску с именем Беатриче Ченчи. Её трагическая судьба заинтересовала писателя, и он посвятил ей одну из своих новелл.
Многие стали сравнивать Беатриче за её мужественное поведение на эшафоте и брошенное папе проклятие с библейской Юдифью, убившей злейшего врага своего народа. Не зря имя «Юдифь» дал своему боевому кораблю знаменитый мореплаватель и непримиримый враг Испании, убеждённый протестант Фрэнсис Дрейк, о чьих подвигах много говорилось в римских салонах, в которых резко возросли антииспанские настроения, особенно после смерти ненавистного Филиппа II.