Со стороны художника это была величайшая дерзость, которая позже ему дорого обошлась. Одно дело изобразить Аннуччу и Филлиду в образах Магдалины и Марфы для частного лица и совсем другое — представить в образе Богоматери для церкви свою возлюбленную, хорошо известную в римских кругах куртизанку. Но он не представлял себе лучшей модели, нежели Лена, и несмотря на капризы строптивой и непоседливой натурщицы, вечно куда-то спешащей, сознательно пошёл на риск.
Выступая из мрачной пустоты дверного проёма своего дома, перенесённого в Лорето, Богоматерь держит на руках подросшего малыша, который с любопытством разглядывает двух незнакомых людей — тоже мать с сыном. Великолепен классический профиль Лены, и вся её фигура напоминает античное изваяние. Но для образа Богоматери её поза чересчур игрива и легкомысленна. Опершись плечом о косяк двери, она стоит босая, скрестив ноги. В отличие от сына, указывающего пальчиком на двух незнакомцев, её мысли заняты другим, о чём говорит опущенный вниз, отрешённый взгляд прекрасных очей. На ней тёмно-синий шёлковый хитон, поверх которого надета бархатная кофта гранатового цвета с длинными рукавами и довольно смелым для евангельского сюжета декольте.
При первом взгляде на картину внимание сразу привлекают две колоритные фигуры паломников с посохами. Видно, что пришли они издалека, преодолев нелёгкий путь. Судя по их одежде, это простые крестьяне, которые пали ниц, сложив руки в благоговейной молитве, перед чудодейственным явлением Богоматери с Младенцем. Грязные ступни ног молодого крестьянина почти касаются рамы картины. Он тянется к Младенцу в желании приложиться к его ножке. Очень выразительно лицо его престарелой матери со следами перенесённых лишений. Под конец жизни крестьянка сподобилась величайшей радости и поэтому преисполнена безграничной любви и веры, не утратив надежды на высокое заступничество, в котором так нуждался простой люд, живший в нищете. Богоматерь застыла в глубокой скорби, понимая, что бессильна облегчить земную участь простых людей, пришедших к ней за помощью. Она сознаёт, какие страдания выпадут и на долю её сына. Вот почему столь печален прекрасный лик, так крепко она прижимает к себе ребёнка.
В сравнении с дивной фреской Рафаэля в той же церкви, поражающей ярким колоритом, новая работа Караваджо отличается приглушённой цветовой гаммой. Выделяется лишь пятно сочного гранатового цвета в одеянии Богоматери. Давно развеялись мечты о приходе золотого века, и наступившие суровые времена никак не способствовали радостному взгляду на мир, что и сказалось на скупости палитры и неброской светотеневой лепке фигур. Караваджо впервые выражает здесь горькие мысли, порождённые сознанием того, что перед несправедливостью существующего миропорядка на земле бессильны даже божественные силы.
«Богоматерь паломников» не вызвала особого интереса у знатоков, которые сочли её маловыразительной. Присутствовавший при её освящении Бальоне резко отозвался о картине, обвинив автора в необдуманном отборе деталей и вульгарности, принижающих искусство. Однако он вынужден был признать, что новая работа пользовалась неимоверным успехом у простого римского люда, который подолгу простаивал перед алтарным образом, прося у Богоматери защиты и помощи. Это признание особенно ценно, поскольку высказано завистливым противником. Оно показывает, насколько демократичным было искусство Караваджо, волновавшее и затрагивавшее души простых людей.
Тем временем в верхах назревал крупный политический конфликт, когда в июне 1604 года своим указом Климент VIII взамен умерших назначил новых кардиналов, настроенных в основном профранцузски. Это вызвало явное раздражение нового посла Испании и обострило трения между новоявленными родственниками — происпански настроенным кланом Фарнезе, с одной стороны, и известным своими симпатиями к Франции родом Альдобрандини — с другой. Начался обмен письмами и нотами между недовольным Мадридом и Римом. Напуганному папе пришлось умерить пыл своего не в меру воинственного племянника Пьетро Альдобрандини, который собирался с преданными ему гвардейцами чуть ли не штурмом брать дворец Фарнезе, где засели его политические противники во главе с бывшим товарищем по тайным оргиям Одоардо Фарнезе, которого негласно поддерживал кардинал-викарий Камилло Боргезе. Напряжение нарастало в высших кругах, а простой люд продолжал жить своей жизнью, не проявляя симпатий ни к одной из враждующих сторон.