Германские спецслужбы — абвер и гестапо — большое внимание уделяли работе внутри партизанского движения. Начальник тылового района Северного фронта в приказе № 1198/41 от 14 сентября 1941 г. требовал «создать широкую сеть секретных агентов, хорошо инструктированных и знающих ближайшие пункты явок. Создание этой организации является совместной задачей дивизий охраны тыла и тайной полиции!». В партизанские отряды засылалась агентура из числа предателей Родины с задачей разложения их изнутри, проведения террористической и диверсионной деятельности. Часто группы агентов под видом партизан или разведчиков Красной Армии, снабженных подлинными документами и радиоаппаратурой, забрасывались в партизанские соединения для выявления мест их расположения. Боевые операции против партизан зависели от разведданных, в большинстве случаев добытых агентурным путем. В особых указаниях по борьбе с партизанами, а их в разное время было издано немецким командованием несколько, 11 ноября 1942 г., 10 февраля 1943 г. и 1 апреля 1944 г., говорилось, что «облавы против партизан без агентуры и проводников всегда будут безрезультатными, поэтому их следует предпринимать только с использованием агентуры».
Поэтому одной из важнейших задач ЦШПД считал усиление борьбы с агентурой противника, проникавшей в партизанские формирования. По документам ЦШПД, республиканских и областных ШПД видно, что они придавали особое значение созданию в партизанских соединениях оперативных групп безопасности для борьбы с вражеской агентурой. Они действовали совместно с органами НКВД на правах их особых отделов.
В январе — феврале 1942 г. немцы пытались задушить партизанское движение в зародыше, бросив против них крупные силы. Тяжёлые бои с карателями партизанские отряды и соединения проводили на Украине, в Белоруссии и в западных областях Российской Федерации. Многие партизанские отряды при этом были рассеяны и ушли в города для продолжения борьбы в подполье. Часть отрядов погибла, а некоторые отошли за линию фронта. Уцелели лишь те из них, где во главе были опытные, хорошо подготовленные командиры. В ночь на 26 марта 1942 г. полиция безопасности и части СС и СД нанесли удар по минскому подполью. 28 руководителей подполья были повешены, 251 подпольщик расстрелян. Однако ничего не помогло оккупантам. Уже к весне 1942 г. партизаны стали представлять серьезную опасность для коммуникаций немецкой армии. Поэтому для решительной борьбы с партизанами немецкому командованию приходилось стягивать в уже оккупированные районы страны большие силы. А для крупных операций в областях, где партизанское движение приобрело широкий размах, как в Белоруссии, Брянской области и некоторых других районах, немецкое командование вынуждено было снимать отдельные воинские части с фронта. По оценке немецкого командования, уже в 1942 г. партизанская война в России оттянула на себя более 12 немецких дивизий, 1 горнострелковый корпус и 11 пехотных и кавалерийских бригад.
Гитлеровцы постоянно устраивали карательные экспедиции против партизанских зон и краев, пытаясь разгромить партизанские формирования и уничтожить население, поддерживающее партизан. Из изменников родины гитлеровцы формировали лжепартизанские отряды, которые занимались всяческой дискредитацией советских партизан. Однако, опираясь на население, партизанская разведка смогла своевременно срывать планы оккупантов и своевременно разоблачать предателей. В 1942 г. отрядом Д. Н. Медведева были разоблачены и уничтожены три лжепартизанских отряда. Один из них, в районе Хотинска, занимался грабежами населения, изнасилованиями женщин, которых потом расстреливали.
По немецким источникам, в 1941 г. против советских партизан действовало 78 специально выделенных батальонов. В 1942 г. их было уже 140. В первой половине 1943 г. — уже 270, а к концу года их было свыше 500. В 1942 г. немцы провели ряд крупных карательных экспедиций против партизан, сжигая на своем пути деревни и села и зверски расправляясь с населением. Четыре карательных экспедиции были проведены в Ленинградском партизанском крае, но это не уменьшило масштабов деятельности партизан.
С весны 1943 г. немцы начали широкие военные действия против брянских партизан. Только в мае против них действовала 40-тысячная армия, в том числе 292-я мотопехотная дивизия, 2 полка 492-й пехотной дивизии, 102-я венгерская пехотная дивизия, около 120 танков 18-й танковой дивизии, 3 артдивизиона, 7 специальных батальонов по борьбе с партизанами при поддержке авиации.