Начиная с августа 1941 г. немецкое командование приступило к формированию специальных моторизированных и конных отрядов для борьбы с партизанскими формированиями. К осени 1941 г. при многих немецких частях были созданы истребительные команды, отряды и батальоны для борьбы с партизанами. Но развернувшееся партизанское движение вынудило немецкое командование применять в борьбе с партизанами крупные силы, вплоть до дивизий. Уже осенью 1941 г. немецкие генералы признавали, что инициатива в партизанской войне в тылу германских войск принадлежит партизанам. Генерал Роквер в секретном приказе № 1198/41 от 14 сентября 1941 г. указывал, что «в лице русских партизан мы встречаем очень деятельного, ловкого, подвижного и решительного противника, который отлично умеет использовать местность, проводит свои операции преимущественно по ночам и, действуя в собственной стране, в большинстве случаев, пользуется поддержкой населения». Подобное мнение выражал в приказе № 52 от 14 сентября 1941 г. и генерал Шенкендорф. Он отмечал, что «для успешной борьбы с партизанами… необходимо части дивизий охраны тыла расчленить вплоть до взводов и занять возможно большее число населенных пунктов. При этом проводить внезапные наступления на рассвете или незаметный захват населенных пунктов в темноте. Повторные удары проводить спустя 2–3 дня».
В 1941–1942 гг. при продвижении немецких войск вглубь советской территории, штабы фельджандармерии (ГФБ) на оккупированной территории немедленно приступали к организации карательных отрядов. В их задачу входили: вооруженная борьба с партизанским движением; проведение репрессивных мер по отношению к советским патриотам; охрана военных объектов и коммуникаций в тылу действующей германской армии и содействие в проведении мероприятий немецких оккупационных властей на оккупированной территории. Численность карательных отрядов в среднем состояла из 150 человек. Они делились на взводы, а те — на отделения. Они комплектовались в основном из бывших военнослужащих Красной Армии, которые, попав в окружение, возвращались к месту жительства. Начальниками этих карательных отрядов назначались бывшие военнослужащие — изменники Родины, назначенные на эти должности фельджандармерией. Карательные отряды обычно действовали совместно с полицией СД, фельджандармерией, частями немецкой армии и отдельными карательными формированиями. Для уничтожения партизан были созданы и так называемые ягдкоманды (истребительные команды). Их структура давала возможность бороться против партизан весьма ограниченными силами. Они применялись чаще всего для проведения разведки боем. Численность их колебалась от взвода до роты. Главное в их тактике — скрытное продвижение, позволяющее как можно ближе подойти к партизанам, внезапно атаковать их и постараться уничтожить.
Для усиления борьбы с партизанским движением и советской разведкой в оккупированных районах нашей страны наряду с управлениями полиции безопасности и СД в марте 1942 г. был создан специальный орган «Зондерштаб Р» (Особый штаб по России). В его задачи входило выявление дислокации партизанских формирований, их руководящего состава, численности, партийной прослойки и совершение террористических актов в отношении командно-политического состава.