Помимо боевых соединений, расположенных непосредственно на линии фронта, в расположение военного командования были выделены охранные дивизии, части полевой жандармерии и тайной полевой полиции, а также полицейские подразделения из националистически и антисоветски настроенных элементов общества. Численность только полицейских формирований к началу января 1942 г. составляла более 60 тыс. чел., что вдвое превышало состав немецкой полиции порядка, используемой на оккупированной территории. Генерал-полковник Л. Рендулич признавался, что «ни на одном другом театре военных действий не было такого тесного взаимодействия между партизанами и регулярной армией, как на русском». Он отмечал, что «уже в первые месяцы войны деятельность партизан стала принимать все более широкие размеры… Весной 1942 г. они уже представляли серьезную опасность для тыловых коммуникаций немецкой армии, поэтому для решительной борьбы с ними немецкому командованию приходилось стягивать в уже оккупированные районы большие силы, а для проведения крупных операций, где движение приняло наиболее угрожающие размеры, снимать отдельные части с фронта». Начальник военных сообщений немецкой группы армий «Центр» генерал Г. Теске в послевоенных мемуарах отмечал, что «первая битва, которую проиграл в ней вермахт, была битва против советских партизан зимой 1941–1942 годов. Затем последовали дальнейшие поражения в этой борьбе… В основном они состояли в том, что с самого начала инициатива находилась у партизан и оставалась у них до конца войны». Известный нацистский генерал Г. Гудериан впоследствии отмечал в своих мемуарах, что «по мере того, как бои на фронте становились все более упорными, партизанская война стала настоящим бичом, сильно влияя на моральный дух фронтовых солдат».
25 октября 1941 г. командование сухопутных войск Германии выпустило наставление под названием «Основные положения по борьбе с партизанами», которое было распространено в оккупационных войсковых частях, вплоть до батальонов. В нем впервые была сделана попытка проанализировать истоки и характер партизанского движения, его организационную структуру, приемы и способы их боевых действий и вооружение партизанских формирований. Гитлеровцы, как видно из приказов их командования, считали партизанами 2/3 населения оккупированной ими территории СССР. Ещё 19 июля 1941 г. появился приказ Главного командования вермахта (ОКБ) по проведению боевых действий против партизан. Он предписывал поддерживать в частях состояние боевой готовности, создавать специальные конные патрули для охраны коммуникаций, проводить внезапные повторные налеты на населенные пункты, прочесывать местности и т. д.
С первыми частями немецких войск нашу границу перешли два легиона бандеровцев «Роланд» и «Нахтигаль». Они входили в состав дивизии войск СС «Бранденбург». Значительную помощь спецслужбам Германии в борьбе с партизанами оказали эстонские, латвийские, литовские, украинские и белорусские националисты. Много предателей на службе оккупантов было и из числа граждан РСФСР — Российская освободительная армия (РОА), казаки 15-го казачьего корпуса СС, казачьи, калмыцкие и мусульманские легионы. На оккупированной территории стали формироваться разведывательные и карательные органы противника. Из этой среды гитлеровцами рекрутировались кадры для проведения шпионско-диверсионной, террористической и иной подрывной деятельности против СССР.