Однако больше всего Помпея влекли в Египет неисчислимые богатства этой страны. Египет обладал мировой монополией на папирус, он вёл успешную торговлю стеклом, полотном и драгоценными металлами. Очень высоко ценились египетские изумруды, топазы, аметисты и ониксы. Широко экспортировались египетские ароматические масла, мази и духи. Кроме того, Египет успешно конкурировал с Нумидией по производству зерна; египетские житницы могли поставить достаточно зерна, чтобы ежегодно кормить Рим в течение четырёх месяцев. Вот почему ненасытный взор Рима так часто в последние годы обращался в сторону Египта, этим же объясняется и тот факт, что Помпей после своего поражения решил направиться именно туда. За одиннадцать лет до описываемых событий в Египте ему удалось прибрать к рукам огромные суммы. Теперь его будущее зависело от того, удастся ли ему повторить своё достижение.
Итак, Помпей держал путь в Египет. Несчастливый монарх этой страны, Птолемей XII Авлет, умер тремя годами ранее, а правящая группировка распалась на два враждебных лагеря, поддерживавшие двух соперничающих преемников царя. Это были его 15-летний сын Птолемей XIII и его сестра-невеста Клеопатра VII, 21 года. Их армии стояли лагерем друг против друга около Пелузия — города на Средиземноморском побережье к юго-востоку от современного Порт-Саида. Александрия была в руках Птолемея, или, скорее, его первого министра евнуха Потиния и военачальника Помпея по имени Ахилл. 28 сентября 48 года до н. э., когда судно Помпея приблизилось к чужому берегу неподалёку от храма Юпитера в Касиуме, на восточной границе Египта, Ахилл и два римских чиновника вышли ему навстречу и передали дружественное письмо от царя. Тогда, оставив свою супругу на борту корабля, Помпей ступил в лодку в сопровождении одного вольноотпущенника и трёх рабов. Как только гребцы направили лодку к берегу, один из римлян, некий Септимий, служивший под командованием Помпея во время войны с пиратами, нанёс ему удар кинжалом в спину. Тот упал на дно лодки и умер. Так власти Египта дали понять Риму, что они прекрасно понимают, кто стал победителем в гражданской войне, и продемонстрировали, что, хотя в своё время и снабдили Помпея кораблями, теперь они перешли на сторону победителя.
Всего четыре дня спустя Цезарь прибыл с острова Родос в Александрийскую гавань во главе небольшой армии, насчитывавшей 3200 пехотинцев и 800 всадников. Наставник царя Теодот, профессор риторики из Чиоса, вышел навстречу флагманскому судну. Он приветствовал Цезаря от имени Птолемея и преподнёс ему дары — кольцо с печаткой, ещё недавно принадлежавшее Помпею, и его голову, забальзамированную по приказу юного царя.
Сам Цезарь об этом эпизоде высказался достаточно сдержанно. Он написал только, что «узнал о смерти Помпея». Однако этот ужасный инцидент предоставил широкое поле для фантазии многочисленным авторам, которые красочно изображали благородное отвращение, охватившее Цезаря. На самом деле, скорее всего, им владели смешанные чувства. То, что произошло, было плохим прецедентом, ведь знатный римский лидер и военачальник был убит не римлянами, а чужестранцами, к тому же смерть Помпея могла привести к возобновлению военных действий на полях гражданской войны и повлечь за собой месть его сторонников.
Кроме того, Цезарь спешил в Египет, надеясь захватить Помпея живым. Помилование врага должно было стать кульминацией его хорошо продуманной программы милосердия, хотя для самого Помпея ничто не могло быть более оскорбительным. С другой стороны, смерть самого опасного врага, жизнь которого, как и жизнь Лентула, он не сумел спасти, если не прекращала гражданскую войну в целом, то значительно приближала её конец.