8 июля Цезарь напал одновременно на вражеские линии в шести различных пунктах, но не сумел прорваться. Приблизительно девятью днями позже Помпей нанёс ответный удар. Получив информацию от дезертиров-галлов, он послал шесть легионов и отряды наёмников морским путём, чтобы прорвать линию обороны Цезаря на южной оконечности побережья. Этим отрядам удалось укрепиться на занятых позициях и свести на нет всё, чего добился Цезарь. Контрнаступление Цезаря провалилось, причём по меньшей мере тысяча человек погибли. Лабиен подверг пленных унизительным процедурам и казнил, всё только для того, чтобы убедить своих новых консервативных союзников в собственной лояльности. Но по каким-то причинам Помпей не сумел развить его успех. Вероятно, он просто не понял, насколько важна его победа. Помпей едва ли верил тем, кто утверждал, что война уже фактически закончена, хотя, по словам Цезаря, война была бы закончена в тот же день, если среди его противников нашёлся бы человек, сумевший воспользоваться ситуацией.
Однако блокада была прорвана, и Цезарь стремительно двинулся в глубь страны. Он уже разместил свои отряды в Фессалии и в других регионах Северной Греции, с тем чтобы обеспечить поставки продовольствия в свою армию. Он везде поддерживал местные группировки, настроенные против Помпея и сформированные до некоторой степени из тех, чьим семействам Цезарь в своё время оказал поддержку. Теперь он проводил подобную политику в Фессалии, где его армия успешно пополнилась двумя легионами под командованием бывшего консула Кальвина. В то же время силы Помпея также возросли за счёт войск Метелла Сципиона, прибывшего из Сирии и присоединившегося к нему в столице Фессалии Лариссе. Если бы Помпей после Диррахия решил возвращаться в Италию морским путём, Цезарь был бы вынужден, несмотря на опасность, следовать за ним сухопутным маршрутом. Но он предположил, и совершенно справедливо, что его враг не сможет покинуть Метелла Сципиона. Помпей также стоял в Фессалии, вдалеке от своих морских баз, а значит, имелись надежды на решающее сражение. После того как Цезарь позволил своим хорошо потрудившимся, но плохо питающимся солдатам устроить оргию грабежей, насилия и убийств в маленьком непокорном городе Гомфи, две армии стали друг против друга на равнине Фарсала. Силы Помпея теперь превосходили силы Цезаря более чем вдвое, и они были размещены на возвышенности. И всё-таки на следующий день меньшие силы, несмотря на неблагоприятную диспозицию, начали и выиграли сражение, не понеся серьёзного урона. Действительно, Цезарь собирался переломить сложившуюся ситуацию в надежде, что подвижность его армии, значительно превосходившая подвижность противника, могла бы дать ему некоторое преимущество. Но когда, к своей огромной радости, Цезарь увидел, что противостоящая армия готовится к сражению, он отменил приказ о выступлении и сформировал линию обороны.
Цезарь предполагал, что Помпей решил наконец вступить в битву под давлением консервативных политических деятелей в его лагере. Это были вздорные и злобные люди, которых интересовали только месть, нажива и прибыльные должности. Они яростно ссорились из-за того, кому достанется должность великого понтифика, занимаемая Цезарем. И что самое главное, они отказывались признавать Помпея своим командующим и главой. Он счёл необходимым предоставить Метеллу Сципиону полномочия независимого командующего. Тем не менее Агенобарб, подобно многим другим, глумился над Помпеем, называя его «царём царей», от которого он собирался избавиться, как только решающее сражение будет выиграно. Сам же Помпей пребывал в радужных надеждах на лёгкую победу и низкий боевой дух армии противника.