Не прошло и нескольких недель, как Цезаря, обосновавшегося в Александрии в царском дворце, посетил ещё один визитёр. Это была сама Клеопатра, которая тайно пробралась через весь город. Согласно преданию, её пронесли, завернув в ковёр, — сюжет, который успешно эксплуатируется при производстве кинофильмов. Визит Клеопатры вполне объясним — Цезарь собирался выступить в роли третейского судьи, следовательно, он должен был видеть и её. Ещё когда Цезарь находился в Анатолии, Клеопатра направила ему письмо, а теперь, по словам историка Диона Кассия, «она считала, что очень важно встретиться с Цезарем лицом к лицу, так как свою внешность она рассматривала как самый серьёзный козырь в своей игре». Нельзя сказать, что Клеопатра была совсем незнакома с римскими лидерами. Она уже успела заинтриговать старшего сына Помпея, когда год назад тот прибыл в Египет за помощью. Цезарь, хотя и был значительно старше, представлял для царицы гораздо больший интерес и как мужчина, и как влиятельный римский политик. Цезарь также был очарован царицей. Хотя Клеопатра была отпрыском семейства, где браки между братьями и сёстрами стали традицией, её успех у Цезаря, безусловно, свидетельствует о несравненном обаянии царицы. Говоря словами Шекспира:
Её интеллект и решимость также сыграли немалую роль в отношениях с Цезарем. Царица всю свою красоту, интеллект и вдохновение направила на то, чтобы возродить славу Египта. Клеопатра, единственная из своей происходившей из Македонии династии, знала язык страны, которой управляла. Она говорила и читала также на многих азиатских и африканских языках. Клеопатра, как и все македонцы, не могла не испытывать враждебных чувств к Риму, тем не менее союз с Цезарем был наилучшим доступным ей способом добиться своих целей.
Впечатление, произведённое царицей на Цезаря, было настолько сильным, что она немедленно водворилась во дворце как полноправная хозяйка. Рассказ Лукана о том, что первый званый обед в обществе Клеопатры Цезарь посвятил беседе со своим египетским коллегой, верховным жрецом богини Исиды, кажется маловероятным. Скорее, события развивались согласно этим его строкам:
Поэт также писал о том, насколько трудно было завоевать сердце такого сурового человека, как Цезарь. Конечно, Клеопатра очаровала диктатора, но в отношение к ней примешивался также элемент политики. Можно спорить с тем, что наиболее эффективный способ урегулировать спор — принять сторону одного из противников, хотя таким образом Цезарь получал власть по крайней мере над одним из них. Во всяком случае, Цезарь получил в союзники партию, враждебную Потинию, который в своё время активно помогал Помпею, да и по отношению к самому Цезарю вёл себя достаточно дерзко. Мы не сможем найти ни одного случая, когда бы Цезарь из-за безумного увлечения Клеопатрой действовал в ущерб своим интересам. Как говорил Брут у Шекспира в «Юлии Цезаре»:
Цезаря восхищало, что Клеопатра находилась рядом с ним, это было прекрасно. Но ведь он всё равно не мог бы покинуть Александрию, сначала вследствие неблагоприятных ветров и надобности получить необходимые средства, затем потому, что был втянут в короткую, но жестокую войну.
Естественно, юному царю Птолемею пришлась не по вкусу связь ненавидящей его жены и сестры с Цезарем. Он в гневе покинул дворец и начал разжигать у городской толпы, и без того склонной к насилию, ненависть к римлянам. Цезарь пытался смягчить атмосферу, посещая достопримечательности Александрии и смешиваясь с толпой, чтобы послушать университетские лекции. Но вот пришло время выносить третейское решение, и ввиду чрезвычайной сложности положения Цезарь решился предоставить Египту широкие права, сулящие большие выгоды. Подтвердив, что во главе Египта должны стоять два монарха, Птолемей XIII и Клеопатра, он в то же время даровал их младшему брату и младшей сестре Арсиное остров Кипр. Прошло всего десять лет с тех пор, как Кипр стал римской провинцией, и сделано это было в основном благодаря усилиям Катона.