В 1843 году семья переезжает в Сибирь, Михаил поступает в Тобольское духовное училище, а после – в Тобольскую духовную семинарию. Во время обучения его родные переезжают в Томск, он остаётся один и ведёт чрезвычайно уединённый образ жизни, увлекается чтением аскетической литературы. Большое влияние оказывают на него труды святителя Тихона Задонского. Именно в семинарии Михаил получает прозвище «Невский», которое потом ошибочно стало приниматься за фамилию3.
В 1854 году он завершает обучение в семинарии4. Выйдя из духовной школы с твёрдым убеждением быть миссионером, с 1855 года становится участником Алтайской Духовной миссии. В своей речи при хиротонии во епископа святитель Макарий отмечал: «Ещё на школьной скамье мысль о миссионерстве занимала меня. Известия об апостольских трудах патриарха российских миссионеров5 влекли сердце моё к алеутам американским. Но Промысел Божий случайным разговором со мной одного из присных моих указал мне путь к алеутам алтайским, в Алтайскую Миссию, где и обретён мною мир душе»6.
При всём критическом отношении к синодальной эпохе истории Русской Церкви, начавшейся с петровских времён, нельзя не отметить два элемента церковной жизни, которые нашли государственную поддержку и достаточно успешно развивались.
Это система духовного образования и миссионерство. Историограф синодального периода И.К. Смолич отмечает, что миссионерство «нельзя рассматривать как чисто церковную инициативу, в значительной степени она направлялась государством, ставившим перед церковью определённые задачи в рамках своей внутренней политики»7.
Именно в этом направлении и действовала Алтайская Духовная миссия, основанная в 1830 году преподобным Макарием (Глухарёвым), одним из лучших миссионеров Русской Церкви8. Первоначальным центром миссии, существовавшей на скудные пожертвования и средства Синода, был город Бийск, а затем посёлок Улала. В 1843 году архимандрит Макарий (Глухарёв), получивший из Синода отказ на просьбу о разрешении перевода Священного Писания на русский язык, будучи физически весьма слабым, покинул миссию. Его наследниками стали протоиерей Стефан Ландышев, который руководил миссией до 1866 года9, и протоиерей Михаил Чевалков, крещёный алтаец и один из опытнейших переводчиков. Именно они встретили Михаила Парвицкого в миссии и стали его наставниками и сподвижниками в апостольском служении распространения веры.
Михаил с интересом отдавался сложному делу проповедничества, прерывая его лишь молитвенным уединением. Первоначально непонятный алтайский язык он изучил основательно. Протоиерей Михаил Чевалков вспоминал слова святителя Макария о том, что после двух лет безуспешного изучения языка ему явилась Божия Матерь и помогла в этом деле10. Епископ Арсений (Жадановский) в своих «Воспоминаниях» упоминает о явлении во сне будущему святителю Макарию архимандрита Макария (Глухарёва), ободрившего его словами: «Ты после меня здесь обучайся»11.
Миссия при протоиерее Стефане Ландышеве стала более крупной, её бюджет увеличился на порядок. К 1858 году в миссии трудились 12 монахов, 18 священников и 4 псаломщика12.
С 1857 года Михаил Парвицкий становится рясофорным послушником строящегося Благовещенского Чулышманского монастыря13. В 1861 году состоялся его монашеский постриг, а затем – хиротонии во иеродиакона и иеромонаха14.
Иноческие труды о. Макария были направлены на устроение Чулышманского миссионерского монастыря. «В конце 1865 года руководителем Алтайской миссии стал архимандрит Владимир Петров, работавший там до 1883 года и проявивший себя достойным продолжателем трудов Макария Глухарёва»15.
Открываются мастерские по рукоделию и иконописи, свечной завод, семинария для подготовки учителей миссионерских народных школ, школа катехетов и типография. «Владимир послал в Казань иеромонаха Макария Невского для обучения миссионерским методам у Н.И. Ильминского16. После его возвращения школьная система Алтайской миссии была перестроена по принципам Ильминского»17.
Иеромонах Макарий посещает в 1864 году Петербург для решения вопроса о печатании в синодальной типографии переводов на алтайский язык и находится в столице в течение двух лет18. Второй раз он с этой целью путешествовал в Петербург в 1867 году. За это время он издал чинопоследование литургии Иоанна Златоуста, последования из Часослова и последование Святого Крещения, огласительные поучения, священную историю Нового Завета и наиболее употребительные в богослужении евангельские тексты на алтайском языке.