Вполне возможно, что Святейший Патриарх пробыл в обители несколько дней93 либо приезжал ещё раз 24 августа 1924 года. Тогда же в архиерейских палатах обители состоялось очень тёплое свидание Святейшего с бывшим митрополитом Московским Макарием, который с августа 1920 года был частично парализован вследствие инсульта. На сделанном тогда фотоснимке запечатлены участники этой встречи94. Святители беседовали наедине около полутора часов. Это было последнее патриаршее посещение Николо – Угрешского монастыря перед закрытием его церквей.
С 1918 года детская колония Наркомфина и монашеская артель вместе занимали постройки бывшего монастыря, что зафиксировано в акте оценки его владений от 8 августа 1923 года. Однако уже в августе – октябре 1924 года в результате хозяйственных споров между Московским отделом народного образования (МОНО) и Московским отделом здравоохранения (МОЗО) земли, имущество бывшей детской колонии и трудовой общины монахов были переданы в ведение МОНО с целью создания Красного детского городка со значительно большей численностью детей, чем предыдущая колония. В 1925 году руководство МОНО и Красного детского городка стало настойчиво выселять монахов из обители, ходатайствовало о закрытии шести из семи действующих храмов и оставлении верующим только бывшей скитской церкви Петра и Павла.
Церковный совет при поддержке Главнауки пытался добиться оставления Успенской церкви вместо Петропавловской, но получил отказ ВЦИК95. Верующих обязали поставить пятиаршинный (3,5 м в высоту) забор для ограждения храма от детского городка и проделать отдельный проход к храму в стене.
Руководство Красного детского городка относилось к монашеской артели враждебно, боясь религиозного влияния на мировоззрение детей. Об этом свидетельствуют не только документы, связанные с выселением общины и закрытием храмов, но и письмо заведующего Ивана Громова в МОНО, где описан случай обновления иконы святителя Николая:
«10–11 апреля сего года в помещении около входных ворот, занимаемом скотницей артели монахов Агафьей Маршевой, была сделана попытка спровоцировать население чудом обновления принадлежащей ей иконы Николая.
Слух о чуде распространился по окрестным деревням. В течение этих дней помещение посещалось местными жителями. О случившемся 11 апреля утром мной сообщено Ухтомской милиции. Прибывшие милиционеры составили надлежащий акт и произвели допрос причастным к делу лицам, о вышеизложенном сообщаю для сведения»96.
Архимандриту Макарию удалось уладить этот инцидент. Он взял у Агафьи обновившуюся икону к себе на хранение и успокоил верующих, приходивших на поклонение святыне.
2 мая 1925 года митрополит Макарий (Невский) и 13 человек, проживавших с ним в Архиерейском доме, выехали в село Котельники, где разместились в доме Мелании Павловны Трагейм.
Архимандрит Макарий вплоть до самой смерти святителя глубоко его почитал. Когда митрополит был уже на смертном одре, архимандрит Макарий приехал проститься с ним. По свидетельству сестры милосердия М. Филипповой, бывшей при владыке Макарии, 16 февраля 1925 года состоялось соборование умирающего святителя, которое совершили: архиепископ Иннокентий Бийский, архиепископ Арсений (Жадановский), архимандрит Макарий Угрешский, архимандрит Филарет, протоиерей Сергий Лебедев, о. Сергий Мечёв и другие священники. По её же свидетельству, уже после смерти митрополита из Угреши приходили и служили панихиды у гроба почившего владыки. Архимандрит Макарий присутствовал и на отпевании владыки97.
В апреле – мае 1925 года братии Николо – Угрешского монастыря пришлось освободить занимаемые кельи, переселиться в бывший скит и окрестные деревни. По свидетельству З.И. Карасёвой, в 1927 году монахи ещё проживали в скиту. После выселения архимандрита Макария из монастыря его принял к себе церковный староста Андрей Андреевич Лобанов, который имел два дома в деревне Александровке, что между деревней Денисьево и монастырём. Дом Лобанова был на месте современного пожарного депо на улице Советской98, совсем недалеко от обители, ближе к старому кладбищу. Вероятно, это место имеется в виду в докладе о выселении монахов: «Они как вороны обсели монастырь, расселившись по деревням, а архимандрит под самым монастырём у кузнеца…»99
30 августа 1927 года приказом Хозяйственного отдела ОГПУ помещения бывшего Николо – Угрешского монастыря были переданы трудовой коммуне № 2, куда постепенно перевезли более тысячи беспризорников из Саввино – Сторожевского монастыря. Приказом ВЦИК от 13 декабря 1928 года последняя действующая церковь во имя Петра и Павла была закрыта и её здание передано трудовой коммуне. Монахи были окончательно выдворены из скита, а оставшееся имущество разграблено100.